台灣是B型肝炎的流行區域，有80-90%的民眾感染過B型肝炎，成人帶原者（HBsAg陽性）約15-20%。B型肝炎病毒的帶原被認為是導致肝硬化及肝癌的重要指標。
1980年，衛生署開始實施「加強B型肝炎防治計畫」。1982年在政務委員李國鼎的主導下，B型肝炎的防治成為行政院八大重點科技之一，包括：資訊、材料、能源、自動化、生物技術、光電科技、食品科技、肝炎防治。
1984年，開始高風險族群疫苗接種，1986年，台灣成為世界上最先進行B肝疫苗全面接種的國家。 1984年，經濟部成立財團法人生物技術開發中心，一面進行B型肝炎基因工程疫苗的研製，另一面將法國巴斯德藥廠的B型肝炎血漿疫苗技術轉移給同年成立的保生公司。
台灣疫苗工業停擺
保生公司引進了巴斯德原廠B型肝炎血漿疫苗生產線，在新竹科學園區設廠生產。不料卻因為愛滋病毒成為B型肝炎血漿疫苗的「潛在危機」，1991年4月，民進黨籍省議員張溫鷹在質詢時提出：究竟B肝血漿疫苗和基因工程疫苗何者為優？衛生處林克紹處長的回答是：以B型肝炎血清製造，製造過程較複雜，容易受污染，利用基因工程製造，量大質純。省議會遂決議要求不要再使用血漿疫苗。
對於血漿疫苗的安全性，中央以血漿疫苗經衛生署核准，與基因工程疫苗皆屬安全、有效的疫苗，且在台使用經驗已十年，預防效果良好，在凍省與集權中央的氛圍下，基因工程疫苗與血漿疫苗成了地方與中央官員對槓的生物武器。保生公司的血漿疫苗工廠於1992年2月正式停工，在台灣政黨鬥爭中，退潮而去。
1992 到 2005年間，台灣疫苗工業可說是全面停擺。
流感疫苗自製計畫
經過 2003年SARS的洗禮，2005年國安會把禽流感列為影響國家安全的重要議題， 衛生署提出經費新台幣210億元的「因應流感大流行準備計畫」，包括物資儲備、動員防治計畫；以及「流感疫苗自製計畫」。
衛生署疾病管制局訂定了流感疫苗自製計畫BOO案（興建、營運、擁有），共有四家國內外廠商送件，分別是瑞安生寶企業聯盟、國光生技、荷商葛蘭素史克（GSK）和荷商Novilon公司。總投資金額達35億元，預計在簽約兩年內完成建廠，簽約三年內營運生產。
當時SPF胚胎蛋是全球各類疫苗最主要的原料來源，四家投標廠商中，GSK和國光生技都是以SPF胚胎蛋為原料，在國內銷售流感疫苗。GSK是國內最大的疫苗供應商，也是全球前五大疫苗廠；國光生技則透過日本北里研究所技術支援，在台流感疫苗市占率達10%。
最優申請人一再生變
GSK以其豐富的疫苗研發及國際生產經驗，成為最優申請人，GSK原將在2006年4月10日前與衛生署完成議約。簽約前，立法院衛環委員會決議，要求衛生署將「技術移轉」或「與本土疫苗廠商進行合作」納入議約的必要條件，否則就是喪權辱國的馬關條約。
GSK隨即中止與台灣政府談判流感疫苗廠投資計畫，衛生署與次優申請人荷商諾貝爾（AkzoNobel）公司進行議約。 諾貝爾是荷蘭最大藥廠，年營業額30億美元，以子公司Nobilon名義來台設生產線，流感疫苗設廠計劃兩階段進行，將先投資10至20億元興建疫苗生產線，第二階段投資10億元建立裝填生產線。
依疾管局招標公告，流感疫苗生產線必須具備年1,600萬劑產能規模。但政府只能以10年40億元的金額，每年保證收購250萬劑。另外，若發生新型流感大流行時，疫苗廠必須在三個月內，有償提供台灣四分之一人口所需疫苗。
本土疫苗廠國光生技的抗爭
未得標的本土疫苗廠國光生技不服這項招標結果，向法庭申訴指出，諾貝爾沒有生產人類使用疫苗的經驗，而且該廠以細胞培養方式生產疫苗，有致癌風險。國光生技更表示，不管諾貝爾是否來台設廠，都會以台灣為根據地，開拓亞洲流感疫苗市場，並表示將和荷蘭疫苗研發公司Crucell簽約合作，並找來醫界大老李明亮擔任公司執行長 。
李明亮為了籌資及貸款沒有著落而傷透腦筋，疫苗生產設備還要再投資廿二億元，打算對外增資十二億元，另十億元則以聯貸方式取得。國光生技這座流感疫苗廠，原就是為爭取流感疫苗BOO案而設，但因國光生技並未成為該標案的最優申請人，讓該公司陷入是否繼續投資的兩難。
命運就是如此奇妙，疾管局在與次優申請人荷商諾貝爾公司進行議約前，AkzoNobel 被 Schering-Plough公司併購，兵荒馬亂之際，疫苗場BOO案再度停擺。
詹啟賢為國光帶來資本投入
2008年4月，國民黨贏得總統大選後，與入閣擦身而過的詹啟賢過來接替李明亮，就此開啟國光生技不一樣的格局。詹啟賢人脈廣闊，為國光生技帶來民間資本投入，行政院國發基金、經濟部耀華玻璃及中鋼等泛公家單位，也投入國光生技13.3億元，占股權比重達37.3％。
2009年全球發生新流感，政府為降低疫情衝擊，向國光生技採購一千萬劑新流感疫苗，每劑199元，總採購金額19.9億元，國光也如期交貨。
增加採購Norvatis疫苗
楊志良署長新上任，迫於與論的壓力及名嘴之挑剔，緊急增加採購Norvatis疫苗500萬劑。2009年11月，媒體大幅度報導疫苗副作用，特別是劉小弟死亡案，雖經CDC澄清與疫苗不相干，也送美國 CDC病理切片研判是小病毒感染致死，但國人對國光疫苗信心不振、瀰漫緩打甚至停打潮。
到2010年一月為止，衛生署採購的1500萬劑疫苗，僅接種710萬劑，其中國光疫苗還剩420萬劑，諾華剩370萬劑，這790萬劑疫苗成為「呆料」；諾華疫苗每劑採購成本約400元，國光是199元，這些採購過剩的公帑達23.1億餘元。
台灣圓了30年國產疫苗夢
「疫苗是國家防疫的基本武器，」曾任SARS總指揮的慈濟大學名譽校長李明亮表示，人類會在21世紀面對許多新型疾病，尤其是各種新型流行病，疫情隨時可能發生，進步的國家要能自製疫苗，這一點台灣顯得相當落後。
之後，國光宣佈與Crucell合作，Crucell為嬌生旗下生技大廠，是全球流感疫苗主要供應商之一。國光除生產流感疫苗原液外，也宣佈要在中科投資30億元，建構1,000公升生物反應細胞培養廠，預估2014年完工，2015年投產，三年內主要用於腸病毒71型疫苗生產，年產300萬劑。
國光也規劃生產H5N1禽流感疫苗、日本腦炎、登革熱甚至是動物疫苗。
台灣在30年前就夢想有一個國產疫苗廠，也走過坎坷艱辛的道路，多年來就是一事無成。最後，拜新流感之賜，也在國光同仁努力下，圓了30年的一場國產疫苗夢。
