《國土計畫法學研究》一書中的〈論農地與農舍之管理政策與法令〉提到，臺灣農地之管理法令呈現雙頭馬車的併行制，首先，在【都市計畫法】與【區域計畫法】除對分區及用地加以分別規定外，同時亦對於編定之分區與用地之許可使用細目加以明確規定；其次，【農業發展條例】第8條之1第3項規定授權訂定的【申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法】就農地使用有一套不同使用方式及強度之規定，這容易造成重複限制，另一方面，【區域計畫法】、【都市計畫法】和【農業發展條例】各有不同額度及方式之行政罰，可能造成一行為兩罰之結果，均有待法制面上加以釐清(林明鏘，2018：440)。

其實，【都市計畫法】體系中真正涉及土地使用分區管制的，是第85條第1項授權訂定的【臺北市土地使用分區管制自治條例】、【都市計畫法新北市施行細則】、【都市計畫法桃園市施行細則】、【都市計畫法臺中市施行自治條例】、【都市計畫法臺南市施行細則】、【都市計畫法高雄市施行細則】和【都市計畫法臺灣省施行細則】，對於其中都市計畫農業區、保護區的土地，如要興建固定基礎農業設施，就是由縣市政府農業單位依照【申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法】來審查與核定。

【區域計畫法】體系中真正涉及土地使用分區管制的，則是該法第15條第1項規定授權訂定之【非都市土地使用管制規則】第6條第3項附表一中的規定，但對於農牧用地、林業用地、養殖用地、國土保安用地等，若要興建固定基礎的農業設施，也是要依照【申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法】規定辦理，由縣市政府農業單位或公所農業課室進行審查與核定。

另外除了林明鏘(2018：440)提的【申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法】外，都市計畫農業區、保護區，或者農牧用地、林業用地、養殖用地等，如要興建該辦法也有列入的休閒農業設施，則是要依照【休閒農業輔導管理辦法】辦理。

儘管【農業發展條例】第70、71條針對未登記的非法休閒農場訂有罰則，不過對於都市計畫農業區、保護區，或者農牧用地、林業用地、養殖用地、國土保安用地、生態保護用地上違反【休閒農業輔導管理辦法】的非法休閒農場，則會以其違反【都市計畫法】第85條或【區域計畫法】第15條授權訂定的土地使用管制規定，而由都市計畫單位或地政單位依【都市計畫法】第79條或【區域計畫法】第21條規定裁罰。

至於都市計畫農業區、保護區，還有農牧用地、林業用地、養殖用地、國土保安用地、生態保護用地上頭違反【申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法】規定的非法農業設施，包含未依規定申請許可、未依原核定計畫內容使用兩種態樣，縣市政府農業單位同樣也是認定現況不符合農業使用後，移請都市計畫或地政單位，依照【都市計畫法】第79條或【區域計畫法】第21條規定裁罰。

林明鏘(2018：440)認為會雙重處罰、民眾會據以詢問、都市計畫或地政單位會據以試圖踢皮球的【農業發展條例】第69條第2項規定之罰則，則是必須有明確的人證、事證或物證，證明行為人是農民團體、農業企業機構、農業試驗研究機構，違反該條例第36條規定，而在依該條例許可承受的特定農業區、一般農業區、山坡地保育區、森林區農牧用地等法定耕地之上作非農業使用，才加以裁罰。

這裡的農民團體目前是指農民依【農會法】、【漁會法】、【農業合作社法】所組織之農會、漁會、農業合作社，農業企業機構是指從事農業生產或農業試驗研究之公司，農業試驗研究機構則指從事農業試驗研究之機關、學校及農業財團法人，倘若這些機構是在特定專用區農牧用地，或者是在都市計畫農業區、保護區，還有林業用地、養殖用地、國土保安用地、生態保護用地上頭違反土地使用管制規定，則不適用【農業發展條例】第69條第2項的處罰規定。

此外，其實還有一種農地利用行為，是【都市計畫法】或【區域計畫法】不罰，但【農業發展條例】會罰的，此行為就是【農業發展條例】第72條所規定，農民團體、農業企業機構或農業試驗研究機構違反第35條之規定，未經核准擅自變更經營利用計畫或將耕地閒置不用者，處新臺幣3萬元以上15萬元以下之罰鍰並限期改正，換言之，這三類機構依照【農業發展條例】許可承受耕地之後，若擅自做與原核定經營計畫不同的農業用途或閒置不用，也要受罰。

所以說，【農業發展條例】對於農地使用現況與規定不符的情事，範圍是限縮在農會、漁會、農業合作社、從事農業生產或農業試驗研究之公司，或者從事農業試驗研究之機關、學校及農業財團法人就其依該條例許可承受之耕地上，在這個範圍之外的農地違規使用行為(不含荒廢閒置不用)，則是由【都市計畫法】第79條或【區域計畫法】第21條所規定的罰則來處置。

而農地違規使用的實際案例，行為人是農民團體、農業企業機構或農業試驗研究機構者少之又少、寥寥無幾，絕大多數是一般民眾或與農業八竿子打不著的單位、機構、機關、團體、組織或公司行號等，故【農業發展條例】與【都市計畫法】或【區域計畫法】一行為兩罰的狀況也就極少見了。

講白了，【農業發展條例】在實務上，是很少罰到農地違規使用行為的！

參考書目：

林明鏘，2018。國土計畫法學研究，臺北市：元照。