抱怨、質疑的理由，看來不乎外缺乏配套、國土功能分區需再溝通之類的。
講到配套，我認為要說問題的話，可能臺灣主流媒體，甚至一些地方民代都還沒有留意到的，首先就是農業用地的法律定義必須要跟著修改，包含【農業發展條例】第3條第10、11款，還有【農業發展條例施行細則】、【申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法】、【農業用地作農業使用認定及核發證明辦法】第2條第2、3款的規定。
除此之外，其他至少【農業用地興建農舍辦法】第5條禁建農舍之區位的規定、【休閒農業輔導管理辦法】第9條休閒農業區限建區位及第22條休閒農場限建區位的規定、【農業主管機關同意農業用地變更審查作業要點】第2點須農地變更之區位的規定，還有【森林法】第6條適合造林的土地可劃定的國土功能分區及使用管制規定、【工廠管理輔導法】可設立工廠的土地區位之規定等，隨著【國土計畫法】之國土功能分區全面實施之後，也都必須要一併修改。
其次，我覺得【國土計畫法】之國土功能分區全面施行之後，為了維護已在同一筆土地上長期開發使用民眾之權益，允宜比照【區域計畫法】下非都市土地使用編定、【都市計畫法】下各縣市或鄉鎮市區層級之都市計畫公告實施、【建築法】下建築管理實施前即已有文件證明合法使用的土地建物設施一樣，授權縣市政府去認定土地所有權人得為從來之使用。
不過，我認為【國土計畫法】之國土功能分區目前的爭議，其源頭說穿了就跟焚化爐、墳墓、垃圾掩埋場、精神病院、屠宰場、畜禽飼養場等鄰避設施爭端的核心疑慮一般，那就是因為會衝擊房地產價格，導致有些人覺得會擋到自己的財路，但是目前也沒看到有人上媒體公開這樣講，而都是說妨礙地方發展、無法提升青年返鄉之意願、妨礙民眾房屋及土地之財產權等冠冕堂皇的理由。
最近的一個例子，是聯合報今年3月29日刊登了中華民國會計師公會全國聯合會前理事長林敏弘所寫的投書【農地套繪管制法令矛盾 不應追溯】，當中提到「農地被占用違章蓋屋，政府卻以保護農業政策大帽子去套繪管制、限制不能分割，以致無法地盡其利」，這位林前理事長似乎是認為，若有太多農地被違規使用，為了地盡其利、避免民怨，就不應該再做任何管制，不過他這明顯是為了自己客戶的利益，而利用媒體公器顛倒是非，相當缺德！
農業用地上頭的違章建築，除非能夠證明是【建築法】之建築管理實施之前就已經存在的建築物，要不然沒有建築執照的建物設施，即便是在【區域計畫法】之非都市土地使用編定實施之前，或者【都市計畫法】之都市計畫公告實施之前即已存在，也一樣是土地違規使用，至少裁罰、命令限期改善等是一定要的，而套繪管制、限制不能分割也有必要，如此方能避免有心人規避違規的法律責任。
再說現況有建物設施而未來被劃入國土保育地區或農業發展地區的土地，如果是土地被編定為農牧用地、林業用地、養殖用地、水利用地、國土保安用地、生態保護用地或都市計畫農業區、保護區土地之後新蓋的，那就算是違規使用，只是土地所有權人或行為人運氣好沒被檢舉、沒被衛星變異點拍到、沒被公所查報查到，或者沒被縣市政府農業單位在農舍稽查、農用證明或農業設施抽查查獲而已。
運氣好沒被查到，就理所當然自以為合法的人，我覺得也是相當厚臉皮。
故我覺得，那些上媒體靠杯說，自己蓋房子居住的土地被畫入國土保育地區或農業發展地區的人，若已經知道是誰，則土地所轄公所或縣市政府應該要去稽查看看，那個人持有的土地現況是否為農地違規使用，如果是，那就要依照【區域計畫法】第21條或【都市計畫法】第79條規定至少罰6萬，並命令限期改善。
總之，我認為【國土計畫法】之國土功能分區的爭議，真正的根源，說穿了就是其中國土保育地區或農業發展地區的劃設，讓一些人(立法委員、議員、村里長或一般民眾等)炒地皮投機致富的美夢破碎罷了！
