八八水災中，高雄縣的山地村落受災戶，向政府提出呼喊，認為曾文水庫越域引水的工程害家園滅村，承包廠商之一的聯合大地董事長的媽媽，就是水利署長陳伸賢的乾媽，水利署長涉及利益迴避問題，有關單位應該深入調查。


最新一期《壹週刊》報導，水利署打算把楠梓仙溪和荖濃溪的水引入曾文水庫，解決嘉南平原和大高雄的缺水問題，但推動時，高高屏各地方政府就提出質疑，但中央仍在2005年發包施工。2006年7月高雄縣政府召開研討會，與台南、屏東縣長共同拒絕，但當時的行政院長謝長廷卻在立法院預算都還未通過前，先行開標。當時的會議紀錄中，高縣長楊秋興就提到，工程對山區地質嚴重破壞，可能造成嚴重土石流，若曾文水庫洩洪，會讓曾文溪兩岸溢流，水淹台南。不幸，這兩項預言全都在八八水災中發生。