第二孕期篩檢方法，於懷孕15-20週實施，基於母親的年齡與血清估算出胎兒可能是唐氏症(風險值1/270)，或者三染色體18與脊柱裂的風險機率值。台灣目前有兩種包括：

• 台灣從1994年起實施的二指標（檢驗母親血清絨毛性腺激素與胎兒甲型蛋白）；依據最近10年，篩檢方式為母親年齡34歲以前採取血清篩檢，偵測率（準確度）大約46%，母親年齡34歲以上建議實施羊膜穿刺，準確度99%以上；共約131萬篩檢胎兒統計；總平均篩檢偵測率（準確度）為59.8%。
• 2008年引進之四指標（檢驗母親血清絨毛性腺激素、雌三醇、胎兒甲型蛋白、與抑制素）。依據國外報告平均篩檢偵測率約為80%的唐氏症、95%的三染色體18、與95%的脊柱裂。三指標（檢驗母親血清絨毛性腺激素、雌三醇、胎兒甲型蛋白)平均篩檢偵測率約為69%的唐氏症。

第二孕期篩檢不保證每位胎兒都正常。如果您胎兒第二孕期篩檢為高風險，且經羊膜穿刺証實染色體正常，建議您於20週後，實施高層次超音波檢查，以確保胎兒健康。