| 根據非盟章程，非盟擬建立如下機構：非盟首腦會議(The Assembly of the Union)、執行理事會(The Executive Council)、泛非會議(The Pan─African Parliament)、法院(The Court Of Justice)、委員會(The Commission)、常駐代表委員會 (The Permanent Representatives Committee)、和平安全理事會(The Peace and Security Council)、特別技術委員會(The Specialized Technical Committees)、經濟、社會和文化理事會(The Economic，Social and Cultural Council)、金融機構(The Financial lnstitutions)。
目前，已成立了5個機構：
(1)非盟首腦會議(The Assembly Of the Union)：系非盟最高權力機構。非盟首腦會議每年在非盟總部亞的斯亞貝巴或應邀在成員國舉行國家元首和政府首腦級會議。大會主席團由一名主席和14名副主席組成， 由成員國根據地區代表制選舉產生，每個地區3名，受非盟制裁的成員國無投票權。主席任期一年，任期可視情延長，延長期不得超過一年。非盟首腦會議主要職責是：制定非盟的共同政策﹔監督非盟政策或決議執行情況﹔加快非洲政治、經濟一體化建設﹔向執行理事會和委員會下達指令，解決非洲戰爭、沖突、恐怖主義、緊急情況等問題﹔在成員國提出要求並經三分之二成員國同意后，非盟可召開特別首腦會議。
(2)執行理事會(The Executive Council)：其性質與職能與原非統部長理事會基本相同。由成員國外長或其他部長組成，每年2月和7月召開兩次會議。負責實施大會決議和對成員國的制裁。
(3)泛非議會(Pan─African Parliament)：非盟的立法與監督機構，目前隻具有咨詢和建議職能，2007年后逐步行使立法權與監督權。議會設議員265名，由非盟53個成員國各5名議員組成，均依本國選舉法直接選舉產生，其中至少1名是女性。議會例會每年召開2次，會期各1個月。議會設1位議長和4位副議長，根據地域平衡原則分別來自非洲的五個次區域。
(4)常駐代表委員會(The Permanent Representatives Committee)：由各國駐非盟大使組成，主要職能為向理事會提出工作建議，加強非盟委員會與成員國間的溝通，每月舉行一次例會。
(5)非盟委員會(The Commision)：為非盟常設行政機構(相當於原非統秘書處)，負責處理非盟的日常行政事務。其領導機構由主席、副主席及8名委員共 10人組成，任期4年，至多可連任兩屆。主席和副主席由大會選舉產生，8名委員由執行理事會選出，報非盟首腦會議批准。
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