監察院調查發現，高鐵行經雲嘉地層下陷區，在雲林土庫與台七十八線交會處，有一橋墩下陷差異度已超過高鐵設計規範標準值，前後橋墩出現「長短腳」，另一處在雲林國小附近橋墩也已逼近標準值，調查報告中提出警訊，要求高鐵檢討改善或採減速因應。

雲林縣政府水利處長劉承志對監察院調查報告存疑，指土庫與台七十八線交會處高鐵橋墩下陷是高於警戒值，但未超過安全標準值，暫無安全顧慮，指橋墩「長短腳」似乎誇張了一點；另高鐵並沒有經過斗六市雲林國小，應該是搞錯了。

監委陳永祥、李炳南、周陽山等在監院交通採購委員會提出上述調查報告。陳永祥受訪表示，雲嘉地區屬大面積地層下陷，自民國九十五至九十八年，四年下陷近十公分，速度雖已減緩，對高鐵行車安全也沒有立即的危險，但高鐵應正視未來地層下陷逐年惡化帶來的警訊。

陳永祥表示，要解決地層下陷對高鐵行車安全的影響，有必要限制工業及民生用水的開發，或限制大量抽取地下水，訂定水資源開發及分配政策。