1937年7月7日，抗日戰爭全面爆發。11月20日，國民政府宣佈遷都重慶，12月13日，南京淪陷。日軍進城後，大肆燒殺淫掠，南京軍民遇難者不下三十萬人。由於現政權施行對外賣國，對內兇殘的政策，導致南京大屠殺遇難同胞家屬只能以個人名義，歷經艱難困苦到日本進行訴訟。而在民間一直有這樣的說法：共產黨為感激日本侵華，消滅了中國軍隊的有生力量，而使共產黨有機會霸佔了全中國，為報答如此大恩，因此共產黨阻止中國人民向日本國聲討合理的賠償，當然更不會代表中國人民去與侵略者打交道。

1945年9月9日，中國戰區日軍投降儀式在南京黃埔路陸軍總部大禮堂舉行，在華一百四十余萬日軍宣告向中國政府繳械投降。何應欽上將發表廣播講話：“這是中國歷史上最有意義的一個日子，這是八年抗戰艱苦奮鬥的結果，我們勝利了！”。

1949年4月23日，中華民國政府在剿匪戰事中失敗，南京淪陷。是年底，國民政府敗退台灣。

中國習慣將南京、西安、洛陽、北京稱為四大古都，而西安、洛陽自西元907年唐朝滅亡后，便再未有成為中國的政治、經濟、文化中心，北京之于華夏崛起更是在十五世紀朱棣遷都北平之後，此前脫離華夏已有五百餘年，所謂四大古都中唯有南京自魏晉直至近代，近兩千年來始終屹立，幾橫貫中華歷史。