1368年1月，朱元璋在南京建立大明帝國後，發佈《奉天討虜北伐檄文》，又稱《明軍北伐告北方官民文告》，以「驅除胡虜，恢復中華，立綱陳紀，救濟斯民」為號召，拜徐達為征虜大將軍，常遇春副之，統二十五萬大軍，兵分兩路，出師北伐蒙元。

1368年9月14日，徐達率明軍騎兵由齊化門沖入北平城，而此時北平已脫離中華長達430年。徐達克復北平後，立即以八百里加急報捷南京，而捷報未入京城，黃河兩岸的民眾已從報捷驛使口中得知北平光復的訊息，一時間華夏子民無不焚香祭拜，「王師北定中原日，家祭毋忘告乃翁」的吟誦祭祖之聲遍及大江南北。月末，明太祖率文武百官登鐘山告廟，發佈「胡都克復·鐘山告廟祭文」，宣告北伐成功，華夏一統。

注：從石敬瑭將「燕雲十六州」割讓給契丹，北京脫離中國為430年；而實際上自唐後期安史之亂開始，北京脫離中國政權已有613年。

在明朝前期洪武、建文、永樂三朝，明軍先後十四次北伐，最遠到達今俄國西伯利亞境內，江東健兒逐韃虜於漠北，雄姿英發，狼奔豕突。

1398年6月24日，明太祖逝世，葬于南京城東鐘山明孝陵。在明帝國亡國後，明孝陵成為清初漢人的精神支柱，漂泊無依的抵抗者的心靈家園。

而滿清康熙帝在位期間先後五次拜謁明孝陵，每次均在文武坊前下馬，不敢走正門，自旁門入內，行三跪九叩大禮，以此對漢族人民實行統戰。

明太祖逝世前遺詔長孫朱允炆承繼大統，建元「建文」，廟號「明惠帝」。

1399年8月，其四叔燕王朱棣于北平叛亂，由於明惠帝下旨「毋使朕有殺叔父名」，致使明軍先後七次可斃殺朱棣的機會，而均未將其擊斃，令朱棣反復死灰復燃。1402年7月13日，朱棣率叛軍攻佔南京，明惠帝流亡失蹤。

朱棣篡位後，在江南殘酷屠殺忠於前朝的知識份子和文武官員，江南第一大儒方孝孺因稱朱棣為「燕賊」，而被誅滅十族。在朱棣遷都北平之前，被其殺害的江南忠義之士達十萬人以上。

因恐懼江南人民對其的仇恨，又無法面對近在咫尺的父親太祖皇帝之神明，1421年初，朱棣在絕大多數官員反對的情況下，宣佈遷都北平。