內定行政院秘書長薛香川是新閣的黑馬，外界原本以為他可能出任國科會主委，謎底揭曉後跌破外界眼鏡。

薛香川點子甚多，馬英九投入總統大選時的long stay（長住計畫）構想，更是由他提出，在大選期間隨著準總統馬英九上山下海，互動密切。

曾在美國住了13年的薛香川，當年有意返台發展，朋友劉兆玄的哥哥劉兆藜問了一句：「我哥哥在找人，你要不要去？」當時劉兆玄擔任國科會企劃考核處處長，就這樣薛香川成了國科會客座專家。

後來，劉兆玄升任國科會副主委，薛香川則出任國科會企劃考核處處長。幾年後因緣際會，劉兆玄先後出任清華大學理學院院長、校長，薛香川也轉往竹科管理局擔任副局長和局長，一待就是10年，這段期間兩人偶爾會相約吃飯、聊天。

2003年，連宋投入選舉，正巧國民黨智庫科技經濟組召集人黃鎮台離開，劉兆玄力邀薛香川接替，劉兆玄一句「拚個一年半載」打動了他，終於點頭。

去年6月馬蕭投入總統大選，薛香川提出long stay構想，因此大選期間隨著準總統馬英九上山下海，全台跑透透，後來又投入馬蕭經濟藍圖的勾勒，與馬蕭互動密切。

薛香川不但有科技專業背景，協調能力好、中英文俱佳，大選期間馬陣營在各地舉辦區域經濟論壇，不少馬英九的講稿，幕後撰稿者就是他。