當選總統的馬英九，選前被對手陣營控告在台北市長、政務官任內涉及多起官司，由於他將於520就職享有刑事豁免權，馬英九被控相關案件就需等他卸任後才能追訴。不過，在520前，馬英九還不具刑事豁免權，最高法院仍可就馬英九特別費案作出判決，部分法界人士臆測，馬英九就職前無罪定讞的可能性相當大。

馬英九被控案件全部集中在特偵組，包括國民黨「三中」交易案、國發院弊案、大小巨蛋弊案、台北銀行超貸中廣弊案、北市府賤賣台北銀行弊案、北平西路既成道路徵收圖利國民黨弊案、貓空纜車弊案，以及他在法務部長、陸委會副主委任內的特別費案。

特偵組檢察官對於馬英九所涉案件，部分已在蒐證階段，由於涉案年代久遠，檢察官向相關單位調閱卷證查辦有一定難度，不過，迄今沒有一件有具體約談行動。

特偵組上午指出，由於總統享有憲法刑事豁免權，現今距馬英九520就職還有約兩個月的時間，檢察官依法會比照國務機要費案偵辦模式先蒐證、偵查，在馬英九就職之前如案情沒有具體發展，案件將會保留到馬英九卸任後再啟動。

不過，馬英九的首長特別費官司，高檢署在馬二審無罪後的上訴要旨，希望最高法院儘速作成定讞見解，如果最高法院趕在520前作出無罪判決，馬遭詬病的特別費官司，就可洗刷終生免疫，除非最高法院趕在馬就職前發回高院更審，或遲未作出判決，才有因刑事豁免權的停審問題。