開學第二天，新流感疫情持續發燒，但是各縣市停課、量體溫卻標準不一，教育部停課標準「325」，疾管局卻是「345」，地方該如何因應？引發爭議。嘉義市政府表示，疫情吃緊，當從嚴把關，堅守「325」標準，要求各校貫徹實施。

教育處表示，因應新流感疫情，教育部要求學校每天為學生量體溫，並發文說明量體溫步驟，還提出「325」停課標準，同一個班級三天內若有兩個學生被診斷出患有流感，則該班停課五天。衛生署疾管局則建議給予地方彈性。

為防範未然，嘉義市將以「325」嚴格把關，捍衛健康城市為原則。教育處同時表示，已要求各校自開學日起，學生進校入班前全面量測體溫，持續至疫情穩定；教育處並將採購足額耳（額）溫槍提供每校各班一支。同時呼籲家長全力配合，確實在家做好個人體溫記錄卡，如有發燒學童，應請假在家休養，並避免前往補習班上課，杜絕疫情發生。