博物馆座落于中国历史文化名城泉州市区西北侧，北倚国家级风景区清源山，南接风景秀丽的西湖。占地154.2亩，主体建筑面积23332平方米，高度43米。

博物馆集收藏、展示、研究、交流和服务等功能为一体，是中宣部直接授予的爱国主义教育示范基地，团中央授予的全国青少年教育基地。同时也是研究大陆与台湾关系史特别是闽台关系史的重要学术机构。

闽台缘博物馆共分为四层，展厅总面积6355平方米。二楼为综合主题馆，按地缘、血缘、法缘、商缘、文缘来设计，分为七个部份，展示闽台两地从古至今密不可分的渊源关系。三楼为乡土闽台专题馆，按“春夏秋冬”四个时节，展现闽台两地共同的民俗风情。此外，一楼还设有国际学术报告厅、临时展厅、库房等。四楼为信息中心和办公场所。