其實該爭議說穿了就是如何計算併購後公司「原併購主體」受獎勵且獨立生產之產品或勞務所得額。依免稅所得計算要點所示，併購後公司應就消滅或被分割公司部分「獨立設置帳簿」，並以該帳簿為準，核實計算其原受獎勵且獨立生產之產品或勞務部分之所得額或應納稅額。為客觀計算免稅所得要求納稅義務人獨立設置帳簿原屬合理，惟計算要點所定義獨立設置帳簿之標準係指依規定設置完備，能獨立計算屬被併購主體部分之銷貨額、銷貨成本及毛利，且合理分攤營業費用及非營業損益者，並未進一步定義其所稱之獨立計算銷貨額、銷貨成本及毛利意指為何？造成部分稅捐稽徵機關套用免稅所得計算要點第4點及第5點所稱之獨立計算，令納稅義務人難以適用。

想想看，如果一家公司原本就難以適用獨立計算免稅所得，又怎能期待併購後搖身一變就可以獨立計算？雖經財政部與工業局多次開會協商，已釐清該獨立計算非指免稅所得計算要點第4點及第5點所稱之獨立計算，且其認定標準係以真實表達被併購公司之所得額後，該部分爭議所纏繞的結似乎鬆開許多，但是所謂的真實表達，如未能有客觀標準，或者類似免稅計算要點在無法符合稅捐稽徵機關獨立計算標準下有客觀推計課稅之計算方式，這個結要完全打開，恐怕還得再等等。

此外亦發現部分案件，稅捐稽徵機關為貫徹租稅中立性認為併購後公司所享受之免稅效益不應超過併購前得享受之租稅優惠，惟併購後所產生之經濟效益及免稅效益是綜合許多因素而產生的，不是單能以數學公式合計或拆減就可以擬制出併購前得享受租稅優惠，況且併購態樣眾多，例如垂直合併或功能性分割，併購後公司最終產品均可能與併購前投資計畫產品有所不同，如為貫徹租稅中立，應針對不同態樣給予一合理推計併購前該受獎勵產品或勞務之所得額方式，而不是單以擬制數為限額，否則對參與併購主體所能享受租稅優惠只可能愈併愈小，反而有失租稅中立。

不可否認，有些併購行為確實會造成併購前後免稅優惠顯著增加情形，例如不能適用獨立計算免稅優惠企業，透由分割而得享受獨立計算之租稅效果，當然這可能也是獨立計算標準過於嚴苛所造成的，撇開這些不談，如為防弊而從嚴認定租稅優惠獎勵繼受案件，實非企業併購法第37條之立法意旨，且將衍生許多不必要行政爭訟案件。