台灣農漁民兩岸交流促進會召集人鄭春忠等在日前發起活動，召集屏東東港漁民前往太平島護主權。童振源在25日指出，如果國人未經國防部事前許可即登太平島，「國家主權蕩然無存」。此一發言引起爭議，行政院25日隨即發澄清稿，對此事件作出回應，指童振源「國家主權蕩然無存」，是指「基於國家安全的需要，太平島是軍事管制區，在沒有經過相關國防安全考量及評估下擅自進入，將對國防安全產生危害，損及國家權益。」

童振源指出，並非指民眾登島會傷害國家主權，而是漁民不宜在未經國防部同意就強行登島，因為這涉及機密及軍事管制區的規定，如果每個人都可以進入太平島，則國家的主權將蕩然無存。而對於鄭春忠發起民間船隊前往太平島一事，童振源表示，由於相關人士對該海域並不熟悉，為確保其海上安全，海巡署巡護艦隨時掌握動態，並處在可就近協助位置。

因為失言，也讓童振源的維基百科內容被惡搞，在簡介部分被改為「出賣台灣政治學人，現當官做行政院發言人政客」；官銜則是被改成「歷屆最軟弱行政院發言人」。對於維基百科的簡介內容，童振源則表示會尊重言論自由，沒有評論。