刊登在「美國國家科學院院刊」的研究發現，經由產道出生的嬰兒被母親的益菌裹住，剖腹產的嬰兒較有可能感染抗藥性金黃色葡萄球菌，過敏和氣喘的機率也較高。

如果母親健康，羊水通常無菌。史丹福大學研究人員卡斯提洛表示：「嬰兒一出生，數百萬的細菌、病毒和有機體將滲透到體內。假如對人體無害，多少會有幫助。」

研究團隊針對委內瑞拉一間醫院9名產婦和10名新生兒進行測試，嬰兒出生24小時內被採集分泌物，研究人員對發現的細菌做基因定序。研究發現自然產的嬰兒，皮膚上、鼻子、喉嚨內與排泄物裡的細菌和母親產道的細菌相同。

剖腹產的嬰兒，細菌集中在皮膚上，而且似乎並非來自母體，可能是第一個碰到嬰兒的人，醫師或父親都有可能，也許是空氣中的細菌。

卡斯提洛表示，未來將追蹤嬰兒長成至兒童階段。何種細菌具有保護作用，藉以判斷健康的差異與出生時的細菌是否有所關聯。芝加哥和洛杉磯的研究人員2004年發現，剖腹產的嬰兒中有64%至82%對甲氧苯青黴素具抗藥性之金黃色葡萄球菌。