1948年6月，第十六軍先後參加了大清河北戰役

在大清河北戰役中，第十六軍第二二師、第94師、第109師被人民解放軍各殲一部。

1947年7月中旬，國民黨北平（今北京）行轅調集第十六軍、第94軍第43師及獨立第95旅等部，對冀中解放區大清河以北地區進行“清剿”，後留第16軍、第94軍各1個團及保安第3、第7總隊建點“駐剿”。9月，為挫敗國民黨軍控制大清河北的企圖，中國人民解放軍晉察冀野戰軍並指揮冀中、冀晉、察哈爾（今分屬河北、內蒙古）軍區部隊，對“駐剿”之國民黨軍實施反擊。

過程

9月2日夜，晉察冀野戰軍第3縱隊奔襲徐水，殲守軍獨立第95旅一部。爾後，在第5、第9軍分區部隊破擊固城至保定段鐵路的掩護下，於6～8日攻擊淶水，殲第94軍第5師一部。第94軍第43師和第5、第121師各1個團急忙從大清河北增援淶水；第13軍第4師、第16軍第22師亦向鐵路沿線集結。9日夜，第3縱隊由淶水轉向涿縣、良鄉、房山地區作戰；第2、第4縱隊及冀中軍區部隊乘機出擊大清河北，求殲孤立之第94師。至10日，第2縱隊在吳家台殲守軍1個營後，向板家窩第109師師部及1個團逼近；第4縱隊兩次對駐咎崗的第94師師部及2個團發動攻擊，均未奏效；冀中軍區獨立第7旅突入霸縣縣城，將第22師1個團主力及保安團一部壓縮於北關；第10軍分區部隊將第94師1個團主力壓縮於開口村3個大型碉堡中。12日，國民黨軍第13軍第4師、第22師主力和獨立第95旅、第157旅等部馳援大清河以北。晉察冀軍區部隊為避免陷入被動局面，遂撤出戰鬥。此役，共殲滅國民黨軍5200餘人。