1940年6月，下轄第四十七師，師長郭貽衍；第五十四師，師長王晉；同時國民革命軍第九十七軍殘部編為新編第二十四師撥歸第九軍，張東凱任師長。1941年5月，第九軍改隸第一戰區，參加晉南會戰。1943年10月，第九軍隸屬國民政府軍事委員會，下轄第五十四師，師長王晉（後史松泉）；新編第二十四師，師長宋子英；1945年4月，第九軍被裁減，原轄第五十四師改隸國民革命軍第十三軍，新編第二十四師被裁減。第九軍番號第四次被撤銷。