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發展初期

1926年7月，蔣介石率軍北伐，黃埔軍校校務委託教育長方鼎英代理。

1927年8月，蔣介石下野。總參謀長李濟深派李揚敬接收黃埔軍校.以教導師、黃埔軍校高級班主任黃慕鬆的新編師和原屬第六軍(北伐後留守廣東)的第十八師蘇世安部以及駐在湘南、湘西的陳渠珍、廖湘雲、許克祥等師編成新編第十三軍，以方鼎英為軍長，歸第八路軍總指揮李濟深節制。

1927年11月，參加討伐唐生智。唐下野後，該部駐湖南宜章。

1927年12月，黃慕松師編入張發奎第四軍，改稱教導師。

1928年1月，廣東發生李濟深與張發奎之戰，新編第十三軍編成李濟深所屬之第二路軍，方鼎英為總指揮，率部向東江追擊張發奎軍。

1928年2月，因與白崇禧、陳嘉祐軍的第十三軍番號重複，遂改為第四十六軍。軍長為方鼎英，參謀長為何浩若,所轄3個師為：新編第四師，師長唐星；新編第五師，師長張春浦；新編第六師，師長高霽；2月初，該軍由粵開抵南昌，再由贛經衢州至津浦路，擔任北伐軍的後方警衛。

撤銷建制

1928年7月1日蔣介石舉行各軍編遣會議，成立整理委員會。國民革命軍第46軍於1928年7月撤消。第四十六軍合併入第十師。1929年3月，蔣介石為討伐桂系，以原第十軍和第四六軍縮編的第10師與原第十七軍縮編的第11師組成第十軍。

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1935年12月，第九路軍第七九師編入第四六軍，

1935年12月以第二十八、第七九師編成第四六軍。樊崧甫任軍長，郭懺為副軍長.該軍屬豫皖綏靖公署節制。1936年西安事變發生後，被編為第一縱隊，樊崧甫任指揮官。該軍搶先佔領潼關。

第二十八師師長原為王懋德。轄郭鍾麟、楊四忠2個旅.1936年11月王被免去師長職，董釗升任。旅長易為李夢筆、張景騫。第七十九師師長原為樊崧甫，1936年4月樊辭職，陳安寶升任師長，轄段朗如、李祖白2個旅。

1937年第四十六軍軍長樊崧甫，該軍在1937年隸屬西安行營；1938年春隸屬湯恩伯第二十軍團參加徐州會戰，爾後又參加武漢會戰。該軍轄第二十八師，師長董釗，該師於1938年底撥屬第十六軍；第四十九師，師長原為李及蘭，1938年4月李他調，周士冕繼任師長，8月李精一又繼周任師長；第九十二師，師長黃國樑，1937年該軍隸屬第四軍，9月2日柳際明整編第五旅一部編入該師。

1938年8月，以第十六軍殘部重建第16軍，由中央軍嫡系第四六軍第二八師  師長董釗任第十六軍軍長，李英任副軍長。其所屬第二八師  亦由第四六軍轉隸第十六軍，董釗仍兼任師長。

樊崧甫第四十六軍於1938年撤銷番號。1938年春第七九師改隸第29軍。

1939年2月以第八軍團所屬編成第四十六軍，以集團軍總司令夏威兼任軍長.同年11月何宣代理軍長，1940年1月實任.5月何宣他調，周祖晃接任軍長.1942年12月周祖晃升任集團軍副總司令，黎行恕接任軍長.1945年5月桂柳會戰，黎指揮失當、被免職，韓練成接任軍長職。該軍轄第一七零、第一七五師和新編第十九師，先後參加桂南、長衡、桂柳會戰。第一七零師，師長黎行恕。1939年2月由第七軍改隸第四十六軍。1940年4月王景宋接黎任師長。1942年12月王昇任副軍長職，許高揚任師長，不久實任；第一七五師，師長莫樹杰。1939年4月由第四十八軍改隸本軍。6月莫樹杰升任第四十八軍軍長，馮璜接任師長，由魏鎮代理。1942年12月馮璜他調，甘成城接任師長.新編第十九師。1938年6月以第一七三師2個團和第一七零、第一七一師補充團在南寧編成，以黃固任師長。1940年1月黃固他調，秦鎮代理師長。6月以該軍副軍長黃鶴齡兼任師長。1941年12月免黃兼師長職，羅活任師長。1944年8月羅活他調，蔣雄任師長。

整編第四十六師,1946年5月以第四十六軍整編而成,以原軍長韓練成改任師長。該師於1947年2月在山東萊蕪被殲,6月由譚何易任師長。該師轄:整編第一七五旅，旅長甘成城，1947年春由盧士沫接任旅長；整編第—八八旅,旅長海競強，1947年2月海被俘，由馬展鴻接任旅長。

恢復番號

九江指揮所

1947年7月，解放軍第二野戰軍發起千里躍進大別山戰略進攻，國民政府於1947年10月任命白崇禧為國防部九江指揮所主任，白崇禧立即將山東戰場的張淦第三兵團（轄第七軍（軍長李本一）、第四十八軍）調至華中，並重建第四十六軍（軍長譚何易），並與第五十六軍（軍長馬拔萃）一起組建為徐啟明第十兵團。由於解放軍避開戰力較強的中央軍和桂系部隊，不停的打擊戰力較弱的粵軍，滇軍，使得國軍對大別山地區的進攻陷入膠著。但白崇禧的堅壁清野、堡壘戰術，亦使劉伯承部處境艱難，被迫於次年1月撤離大別山地區，向北與陳粟三野靠攏。

第四十六軍軍長譚何易，該軍於1948年9月由整編第四十六師恢復番號。原隸屬第八綏靖區，1949年5月改隸第十兵團。該軍轄第一八八師,師長馬展鴻，

1949年8月李芳西接任師長；第二三六師,1948年9月由新編第十九師改稱，師長蔣雄、後王佐文接任師長,第一七四師，由第四十八軍撥隸，師長黃建猷，1948年11月吳中堅接任師長。該軍於1949年底在廣西境內被殲，軍長譚何易脫逃。