民國四(1915)年冬，袁世凱積極籌謀於洪憲帝制，企圖一舉而摧毀民國，雲南都督唐繼堯將軍，於是任雲南昆明高揭義旗，組織護國軍三個軍，其中護國軍第二軍，軍長為李烈鈞將軍，因策應護國第一軍的入川，於民國五(1916)年二月，進入廣西，十一月，進駐廣州，這一支部隊，以後一直鞏衛廣州大本營，以迄國民政府，以迄北伐，以迄抗戰，番號、名稱，雖一度小有變更，但一直維持滇軍強悍善戰本色，北伐前夕，始改組為國民革命軍第三軍，而且先期有很長的一段時間，一直皆隸寓於朱培德（益之）將軍麾下。

護國軍第二軍駐守廣州以後，改稱駐粵滇軍，設總指揮節制，早先總指揮為大理李根源將軍，曾參與援桂、平亂、東征諸役。

民國十(1921)年，改為中央直轄滇軍，以朱培德將軍為總司令，隨　國父北伐，擔任中路前鋒，擋北方軍閥之銳。

民國十一(1922)年六月，廣州發生陳烱明叛變，回師討伐，不幸失利，退走湘南，再轉桂境。民國十二年四月，重振士氣，與友軍東下再討伐陳烱明，再入廣州，改名為大本營鞏衛軍，仍以朱培德將軍為軍長。

民國十三(1924)年，改為中央直轄建國第一軍，（一般人稱為建國滇軍）。

民國十四(1925)年七月一日，國民政府正式成立於廣州，編組國民革命軍序列，改為國民革命軍第三軍。