主任胡宗南（1947年3月4日至1949年）。由第一戰區改編。下轄第五兵團：整編第一軍，整編第二十九軍，整編第十七師，整編第三十六師，整編第三十八師，整編第一師，整編第九十師，整編第二〇三師，整編第十三師，整編第二十七師，整編第六十五師，整編第七十六師，整編第七十九師，第十八綏靖區（寳雞，司令董釗），第十九綏靖區（商縣，司令謝輔三），西安警備司令部（司令曹日暉）。

1948年初，整編第三十八師(原第三十八軍)第十七旅與新編第九師、暫編第三師等部合編為第三軍，許良鈺任軍長。同年5月，改編為整編第十六師，原軍長許良鈺任師長。9月，整編第十六師改稱為第三軍，隸屬西安綏靖公署。

1949年12月7日，西安綏靖公署著即撤銷。