慶長二年 (1597 年) 初，豐臣秀吉再次發動對朝鮮的戰爭。這次準備充足，日軍水陸並進，明朝議定派兵援朝。

關於秀吉出兵的原因，主要是明朝未有答允他「京城及四道歸還朝鮮，另外四道 (即南朝鮮) 割讓給日本」。

日本小型兵船數千艘停舶在釜山，逐步向梁山、熊川逼近。泗川、南海、光州陷落，南原岌岌可危。

宇喜多秀家、小西行長、島津義弘等率領大軍抵達南原城外，朝鮮守軍相繼逃亡。歷經三天圍城戰，南原失陷，日軍屠城一日以示報復。

駐守全州的明朝將領陳愚忠，因南原失陷，領兵撤退，加藤清正兵不血刃拿下全州。日軍又攻陷黃石山、金州、公州等地，漢城屏障盡失。

明軍鞏固漢城前沿陣地，於稷山附近與黑田長政的軍團相遇，雙方大戰，黑田長政敗退。年底，明軍與日軍大戰於蔚山。

就兵力言，明軍遠低於日軍。事實上，明軍一開始即面對相當艱難的處境，據守的城市接連失陷，進攻也屢次失敗。經略楊鎬於蔚山被小早川秀秋擊敗，二萬將士陣亡，戰死的軍官也不少。

後來形勢逆轉，主要得力於武器上的優勝 (大炮殺傷力較火繩槍高)。日軍抵擋不住明軍攻勢，加藤清正的部隊更被圍困，餓死近萬人，幸好大批援軍趕至，才得以逃脫。

不過，明軍其他路線的進攻皆無功而還，未幾還倉促撤軍，導致軍隊潰散。

日軍在陸上作戰表現不俗，卻於海戰遭重挫。

李舜臣派軍艦引誘日本水師 (藤堂高虎率領) 進入鳴梁海峽 (他趁退潮時派人到岸邊設置鐵索和木樁)。正當日艦駛入，隱藏在山腳的朝鮮海軍對其發動猛烈炮轟。日艦在湍急的水流中搖晃不定，開炮還擊，朝鮮海軍有山勢掩護，炮火無法擊中目標。主帥來島通總被當場擊斃，尤其挫折日軍士氣，令軍心散渙，陣腳大亂。

李舜臣埋下的鐵索和木樁，使大量日艦無法離開狹窄的海峽。朝鮮海軍發起總攻，大獲全勝，成功切斷日軍的黃海補給線，掌握了制海權。

鳴梁大捷埋下日本退兵的伏筆。不久，小早川秀秋等七萬多人以休整名義，返回日本。留在朝鮮的，僅加藤清正、島津義弘等約六萬四千兵力。

儘管加藤清正、島津義弘等先後在蔚山、泗川取得勝利，豐臣秀吉在慶長三年 (1598 年) 年中突然死亡，令日軍分批撤出朝鮮。

明、朝聯軍分水陸兩路截擊撤退的日軍，日軍損失戰船數百艘，死者數萬人。小西行長等將領終於順利回國，露梁海戰以明、朝聯軍勝利告終 (李舜臣於是役中流彈身亡)。

征朝戰爭嚴重耗費西國大名的軍力和資金。石田三成代秀吉發佈停戰撤軍指令，亦惹起主戰派武將如加藤清正、福島正則等人不滿。這些將領投靠德川家康，對抗石田三成，引發關原合戰。