《大乘起信論》的基本義理，首在高舉一眾生心以統攝一切法。

《論》云：

所言法者，謂眾生心；是心則攝一切世間法出世間法。依於此心，顯示摩訶衍義。何以故？是心真如相，即示摩訶衍體故；是心生滅因緣相，能示摩訶衍自體相用故。

此條文字可見《起信論》系統之心為眾生心，此「心」有兩種面向，即「真如相」及「生滅因緣相」，其因此可統攝一切世間法及出世間法。

《論》又云：

顯示正義者，依一心法有二種門。云何為二？一者心真如門，二者心生滅門；是二種門皆各總攝一切法。此義云何？以是二門不相離故。

心有「真如」及「生滅」兩相，換辭言之，即心有「真如門」及「生滅門」。心有二門，其因此可各攝一切法。然而，此兩門是否獨立為二呢？不然。二門乃互不相離，推展而言，則一切染法 (即世間法) 及淨法 (即出世間法) 亦非二法而為同一之法之兩面。

《論》又釋「心真如門」云：

心真如者，即是一法界大總相法門體，所謂心性，不生不滅。一切諸法唯依妄念而有差別；若離心念，則無一切境界之相；是故一切法從本已來，離言說相，離名字相，離心緣相，畢竟平等，無有變異，不可破壞；唯是一心，故名真如……此真如者，依言說分別，有二種義。云何為二？一者如實空，以能究竟顯實故；二者如實不空，以有自體具足無漏性功德故。

勞思光解「心真如者，即是一法界大總相法門體」云：

所謂「法界」即指一切法之整體。一切法皆以「真如」為根源，故「真如」即涵攝一切法，亦即是「大總相」。就一切「法門」說，亦是以此「心真如」為「體」，故原文如此釋「心真如」(《新編中國哲學史卷二》)

另外，《論》「以有自體具足無漏性功德故」言真如，可見心真如為一自性清淨心，不雜染污。

清淨心如何可攝一切染法呢？答曰：在心之生出妄念。心之生妄念，即一心之開生滅門，一切染法由此得被收攝。

《論》曾有以下一段文字釋「心生滅門」：

心生滅者，依如來藏故有生滅心，所謂不生不滅與生滅和合，非一非異，名為阿黎耶識。此識有二種義，能攝一切法。生一切法。云何為二？一者覺義，二者不覺義。所言覺者，謂心體離念；離念相者，等虛空界，無所不遍；法界一相；即是如來平等法身。依此法身，說名本覺。何以故？本覺義者，對始覺義說；以始覺者，即同本覺。始覺義者，依本覺故，而有不覺；依不覺故，說有始覺。

簡言之，心生滅門即阿黎耶識，一切世間法皆由此生。不過，它和唯識宗之阿賴耶識不同。後者在唯識系統中乃第一義的心，且兼藏染污善惡種子而為無記；前者則在《起信論》系統中表現為第二義之心，依如來藏自性清淨心 (即第一義之心) 而生，其雖染污，但能藉自覺以超拔於染法以恢復清淨心，此自覺即「始覺」，於始覺中呈現之所覺為「本覺」，清淨心下降而為阿賴耶識即「不覺」。

於此，吾人或問：清淨心全淨無染，如何可以生出染污之阿賴耶識？《起信論》對此問題實有回答，其關鍵則在「無明風動」。

《論》云：

以一切心識皆是無明；無明之相，不離覺性；非可壞，非不可壞；如大海水，因風波動，水相風相不相捨離，而水非動性。若風止滅，動則止滅，溼性不壞故。如是眾生自性清淨心，因無明風動；心與無明俱無形相，不相捨離；而心非動性，若無明滅，相續則滅，智性不壞故……當知無明能生一切染法；以一切染法皆是不覺相故。

牟宗三曾對此段文字加以解釋，他說：

如來藏自性清淨心系統經過如此的一個曲折，將無明 (即阿賴耶識) 引進來，因此即可說明生死流轉法。如此一來，生死流轉之依止於如來藏自性清淨心乃是間接地依止，而非直接地依止。因為自性清淨心本身是一真常心，既是心則有活動 (動而無動之動)；一起心動念 (動而動)，馬上就轉成了阿賴耶識，如此即生無明。順此一面說，阿賴耶識與真常心雖不一，然亦不異，就其不異而言，亦可說是同質的 (homogeneous)，以其同質，所以由阿賴耶識直接起現之生滅法才能通到真常心，也就是依止於如來藏自性清淨心……依佛教之說法，如來藏直接生起清淨法，即名之為「生因」。但是對著有漏生滅法則非「生因」，亦非「了因」，而是「憑依因」。也就是說，生滅染污法只是憑依如來藏起現，並非從清淨的如來藏直接生起。如此，「自性清淨心何以會生出染污法」的問題，就不復存在了，因為如來藏自性清淨心只是生滅法的憑依因而非生因，生滅法必須憑依如來藏而起現。(《中國哲學十九講》)

概言之，阿賴耶識和生滅法 (即一切染污法) 皆是清淨心為無明所動而間接生出，因其非由清淨心直接生出，只是憑依清淨心而起現，清淨心得以收攝生滅法之餘，卻不失自身之清淨無染。

《大乘起信論》「一心開二門」的格局大致如上。

最後，人要成佛，在《起信論》系統中，必須經過分別事識熏習、意熏習、真如自身之體用熏習、諸佛菩薩之慈悲願護。首三種熏習合稱為「真如之熏習無明」，最後一種則為外緣。

何謂「真如熏習無明」？依《論》，即「令妄心厭生死苦，樂求涅槃。以此妄心，有厭求因緣故，即熏習真如，自信己性；知心妄動，無前境界，修遠離法，以如實知無前境界故，種種方便，起隨順 (真如) 行」。

真如自身之體用熏習，依唐君毅的理解，在要「人本此真如為佛性，而此真如佛性，能自己熏其自體之存在，而亦能有力有用，以令眾生發心修行，而自具一能現行之義而已」(《中國哲學原論：原道篇(下)》)。