跟般若空宗不同，唯識宗對一切法 (法指現象) 進行分類，謂之「五位百法」。

早在原始佛教裡，說一切有部 (簡稱有部，部派佛教中上座部分出的一部) 已經對一切法作出細分，得出「五位七十五法」。所謂「五位」，是指色、心、心所、心不相應行、無為。色法 11 種、心法 1 種、心所法 46 種、不相應行法 14 種、無為法 3 種，合計 75 種，故云「七十五法」。

「五位百法」，「五位」沒變，心法增至 8 種、心所法增至 51 種、不相應行法增至 24 種、無為法增至 6 種，合計 100 種。明辨諸法自相 (各個法能被觀察到、被認識了解的外在特徵) 分別，乃「五位百法」設立之目的，這一意義上，跟現代科學有契接處，科學是「通過經驗實證的方法，對現象進行歸因的學問」。

不過，唯識宗終究非教人做科學家，它是要人成佛。分類過後，其遂指一切法皆是有情眾生各自本具之「八識」所變現。「八識」乃唯識宗成佛論的中心。

直接拆解「識」的梵文字義，已含有區別、認知等意思。人懂得分別，就有你我，就有比較，容易產生紛爭。故此，「識」本質上是染污的、不清淨的。

「八識」分別是：眼識、耳識、鼻識、舌識、身識 (前五識合稱「經驗主體」)、意識 (認知主體)、末那識 (心理主體)、阿賴耶識 (梵語：ālaya-vijñāna，又名一切種子識、異熟識，屬潛能主體)。

「八識」變現一切法，變現不是形上學式 (metaphysical) 的從無生有，而是認識論上 (epistemological) 的生起現象 (phenomena)。

「八識」中眼識、耳識、鼻識、舌識、身識，負責收取感官資料 (sense data)。意識相當於康德哲學裡的先驗概念 / 範疇，負責把所收資料分門別類。末那識負責統籌前六識，並作出心理反應。阿賴耶識解釋末那識為何如此反應。變現因此是認識論意義的生，不是主觀唯心主義。

「八識」變現一切法，前六識成就經驗世界，末那識成就心靈世界。人有不同性格、選擇不同的價值觀等，俱屬末那識 (梵語：manas-vijñāna)，末那識即自我意識。至於何解彼的自我迥異於我的自我、各人的自我何以獨一無二？這需要在阿賴耶識的種子裡找答案。

阿賴耶，意思是收藏，阿賴耶識又叫做「藏識」。收藏什麼？收藏上一生命階段所積累的種子。

種子有兩種：有漏種子、無漏種子。

有漏種子生有漏法，有漏法即有漏失功德法財的法，讓有情眾生繫服於三界 (欲界、色界、無色界) 內，輪轉生死。簡單講，就是世間法、生滅法、染污法，即世間一切現象 (和分別、認知、執著分不開)。自我之不同亦應該在此處求解。

無漏種子生無漏法，無漏法是不會漏失功德法財的法，是與解脫相應的法，能讓有情眾生出離三界世間的法。簡言之，就是出世間法、清淨法、佛法。

阿賴耶識是「藏識」，「藏識」猶如一個倉庫，貯存著你上一生命階段種種言行所留下的種子 (言行所導致的影響 / 後果)。所謂「萬般帶不走，唯有業隨身」，業即種子。佛家有輪迴觀念，上一生命階段得出什麼，俱會原封不動帶到今世。同理，刻下生命階段得出什麼，俱會原封不動帶到來世。阿賴耶識負責保存及令種子起現行 (生起現象)。

有漏種子收藏在阿賴耶識內，無漏種子 (生自「最清淨法界等流正聞熏習」，即聽聞佛理而按所聽反覆實踐修習) 也收藏在阿賴耶識內。阿賴耶識因此是染淨和合。

人要成佛，必須 (1) 淨化上一生命階段所累積的有漏種子 (2) 令無漏種子起現行。此過程稱為「轉識成智」。「識」指「八識」，「智」指「四智」。

「轉識成智」如何轉法？根據《大乘本生心地觀經》，前五識轉成「成所作智 (成就所要作的事，即救度眾生的工作)」，意識轉成「妙觀察智 (妙觀人生而了悟)」，末那識轉成「平等性智 (不再自私，能無私無我平等待人)」，阿賴耶識轉成「大圓鏡智 (生命境界清淨無染，如明鏡之如如朗現)」，「四智」其實即般若智。而主持「轉識成智」的重任 (提供動力、進行選擇) 落在末那識上。

到了這裡，可以發現，唯識宗其實與般若空宗並不相悖。大家都認同「緣起性空」，認同般若智慧。只是唯識宗要為一切法作根源的說明，「八識」被提出，且成為理論重心。

然而，「正聞熏習」如何令一妄心、染心生出完足動力去修行？這是唯識宗一大棘手難題。真諦言阿摩羅識 (梵語：amala-vijñāna，「阿摩羅」意思是清淨無垢)，某程度上是針對此一理論困難而發。這方向後來開出真常心，卻已不是無著、世親的原意了 (二人俱主虛妄唯識)。