總統府經過兩年清查，驚覺前總統陳水扁，前副總統呂秀蓮在內的17位官員，經手3.6萬件公文，居然沒有歸檔，離奇失蹤，而且陳水扁沒歸檔的比例，數量居冠，其中還包括2­萬5千件外交密抄，涉及機密，馬總統得知後相當憤怒，指示依法送辦，把陳水扁、呂秀蓮，邱義仁等17人移送監察院。