蔣中正總裁時期：

主張以武力消滅中共政權，進而「光復大陸國土，解救大陸同胞」

蔣經國主席時期：

前期仍維持蔣中正總裁武力「反攻大陸」的主張，

後期提出「三民主義統一中國」之具體政策。

李登輝主席時期:

初期設立國家統一委員會、行政院大陸委員會和海峽交流基金會，

並制定國統綱領，延續蔣經國時代方針。

但後期因應現狀主張特殊的國與國關係的「兩國論」。

經濟上，在面對臺商團體開放投資中國大陸之主張，

以戒急用忍政策回應。其任期內之1992年，兩岸舉行「辜汪會談」，

與會秘書蘇起在2000年宣稱此一會談結果乃有「許多共識」，

並簡稱為「九二共識」，但不被李登輝所承認。

連戰主席時期：

以「一個中國，各自表述」的「九二共識」來推動「國共和解、兩岸關係和平發展」。

馬英九、吳伯雄主席時期：

繼續以「一個中國，各自表述」的「九二共識」來維持兩岸的發展。

朱立倫主席時期：

解釋九二共識為「兩岸同屬一中，但內涵定義有所不同」，

有別於馬英九的「一個中國 ，各自表述」

洪秀柱主席時期：

選總統期間曾主張「一中同表」，

批評馬英九的一中各表不為大陸當局所接受，

在與中共總書記習近平會晤時，

對九二共識的定義為：「求一中原則之同，存一中含義之異」。

吳敦義主席時期：

改以「一中各表」的「九二共識」來試圖維持兩岸的交流。

江啟臣主席時期：

呼籲中國大陸政府不可借台獨逼商、

不該以專斷作為處理COVID-19疫情與香港反送中運動、應放棄對台武力威脅，

路線則改為「親美和陸」、「反共不反中」路線 、

「沒有中華民國，就沒有九二共識」、「拒絕一國兩制」、

推動台美復交和美軍協防台灣。

1988年1月13日蔣經國逝世。

1月27日，李登輝成為代理主席，

7月正式成為國民黨主席。

國民黨內部爆發主流派（擁李）與非主流派（反李）之爭，

由李登輝領導的主流派勝出。

非主流派的趙少康、郁慕明等人從國民黨出走，另創新黨。

2000年總統選舉，國民黨敗選而首次成為在野黨。

敗選後，黨內長期不滿李登輝的人士要求其辭去黨主席一職。

宋楚瑜宣佈將在黨外組織親民黨。

李登輝即將國民黨主席一職交予連戰代理。

連戰在國民黨十五屆中央委員會接任黨主席後，

宣布舉行國民黨黨員重登記，整頓國民黨黨務。

2001年9月21日，由於李登輝幫政治立場相左的台灣團結聯盟候選人站台，

李登輝正式被國民黨開除黨籍。

國民黨分化為新黨(趙少康、郁慕明為首)，親民黨(宋楚瑜為首)，台聯黨(李登輝為首)。

(保守派) 以馬英九、連戰路線為主的主流派系，部分有外省背景。

政策主軸接近憲法一個中國，主張維持臺海現狀、一個中國各自表述，

推動與中國大陸進行經貿合作，同時與美國和日本保持友好關係。

(本土派) 早年本土派以李登輝為首。

1999年王金平獲李登輝提名及支持出任立法院院長，

此後成為立法院內國民黨本土派的龍頭。

2013年，國民黨內馬英九與王金平的矛盾造成九月政爭，

削弱了國民黨的執政聲望。

2018年，國民黨政治新秀韓國瑜在競選高雄市長的期間，

在地方派系支持下，其陣營整合了以王金平為首的部分本土派支持者。

(軍系／統派參見)：

非主流派 (中國國民黨)和新國民黨連線 以郝伯村為主的非主流派系，

1990年起反對李登輝等本土派組成的派系，

多數有外省背景，部分人士傾向狹義的統派。

其成員多隸屬於黃復興黨部，且有一定的勢力。

早年非主流派隨著國民黨黨內矛盾而發展出立法院的新國民黨連線

（後退出國民黨另組新黨）、許歷農領導的新同盟會等。