抗原(antigen)和抗體(antibody)這兩個名詞在免疫學來說，可以說是基本的架構，抗原即是外來的物質，也就是像賊一樣的東西，要講的更專業一點就是勿來物上面某個可以被辨認的蛋白質片段；抗體就是警察囉，負責保護身體的安全，學術上的說法是免疫細胞上面，可以專門來辨認和結合抗原的部分。

那免疫系統到底怎麼來保護我們呢？

身體的第一道防線為外皮組織如皮膚，可以隔絕外來物入侵。但是萬一皮膚被攻破了，有害物質進入了身體，我們必須要立刻產生一個主動的防衛系統，以消滅外來的入侵者。但是外來物質並不一定是不好，這些賊裡面也可能有臥底(類似無間道裡的梁朝偉)，如何辨認出敵我，何者為自身本體的細胞 (self)？何者為外來細胞(non-self)？這需要靠細胞與細胞之間的溝通，如同內分泌系統一般，賀爾蒙上的ligand與受體上的 receptor結合，才能將訊號轉換，產生適當的反應(response)。

在免疫系統之中，當抗原進入多細胞生物體內時，身體會針對此抗原而引發抗體(antibody)與之抗衡。當抗原A第一次進入體內時，多細胞生物需要一段時間才能產生抗體，當抗原A第二次進入體內，抗體則會立即產生，且抗體濃度變得比第一次高出許多，時間越久，抗體濃度仍能保持在一定的水準之上，不會如第一次接觸抗原時容易消失，這就是後天免疫。下次當抗原A第三次進入時，又會產昇更強烈的反應，所以有些人的過敏反應可能會致死的原因在於此，你不知道下一次的反應會比第一次的反應強烈多少，是不可預期的．此種免疫反應具有特異性，只針對某一種抗原，若是其他如抗原B入侵時，則會產生另一次的第一次免疫反應，並產生一次濃度較低的B抗體。

當第一次免疫反應結束後，少數的淋巴細胞會轉變為記憶細胞(memory cell)，而其上的抗體會辨認某一特定抗原。若是相同的抗原再度入侵時，第二次免疫反應會立即產生，淋巴細胞即大量增生，使抗體濃度急速提高。某些記憶細胞可以存活很久，如我們注射的天花疫苗，在產生了抗體之後幾乎可以終身免疫。

抗體是由B細胞所製造的蛋白質，此種細胞具有製造抗體蛋白的基因。身體可以針對不同的抗原製造出可與之結合的抗體。抗原可以是蛋白質、DNA、碳水化合物或小分子的化學物質，因為其可能性無窮，則與之結合的抗體也必須有無限多，表示製造抗體的基因組合亦為無限多。但是在有限的基因之中，如何產生出無限多的基因組合，這一直是困擾大家的問題。

抗原和抗體之間存在著鎖和鑰匙的關係，都是成雙成對的，並沒有那種萬能鑰匙可以把所有的鎖都打開的事情。

抗原(antigen)是指任一化學物，能被抗體(antibody)所辨識，而免疫抗原(immunogen)則是指一個抗原，它本身即具有刺激淋巴細胞產生抗體的能力，所以抗原不必然是免疫抗原。不完全抗原(hapten，如dinitrophenol, DNP)是一個抗原但不是免疫抗原(immunogen)，因為它單獨不能刺激淋巴細胞產生anti-DNP抗体，它必須借助攜帶者(carrier)之幫忙，才能產生anti-DNP抗体，所以又稱做不完全抗原。

一個化合物要成為好的免疫抗原(immunogen)，須有下列條件：

1.它必須被免疫系統認為是一個外來者(non-self)，而且有淋巴細胞能辨識(recognize) 它。
2.它的分子量通常要大於10,000，分子量越大越複雜，越容易成為好的抗原。
3.蛋白質是一個好的抗原，核酸(nucleic acid)或脂質(lipid)不是好的抗原。
4.抗原決定位可接觸性(accessibility of the epitope)，抗原決定位一定要能被 B, T-細胞或抗體看得見，比如抗原一定要能被吞噬後處理，透過抗原呈獻作用才能刺激免疫反應。