高公局為白鼻心設置通道，成功降低死亡率。其實，要面對動物穿（飛）越問題的不只高速公路，還包括速度更快的高速鐵路。高鐵通車四年來，也面臨鳥擊的困擾，引發國內很多愛鳥人士的高度關注；但高鐵除持續進行監測外，目前還暫時「無解」。

去年四月大陸福廈高鐵通車，當首班列車緩緩進站時，許多人也注意到血跡斑斑的車頭，全是沿途鳥擊留下的痕跡。高鐵速度快，鳥類常因閃避不及而撞上，二○○六年底高鐵試車階段，就發現鳥擊的情況，多發生在清晨台中以南的嘉南平原，以麻雀、紅鳩為最大宗，也發現過較大型的黃頭鷺。

高鐵發言人賈先德曾為此拜訪國內鳥類權威、甫退休的中研院研究員劉小如；劉小如認為高鐵的問題在於「速度太快」，加上全線很長，鳥擊「是沒辦法的事」，她建議高鐵先進行監測。

高鐵通車前就展開「行車鳥擊觀察作業」，持續迄今。根據高鐵調查，通車前，平均一列車有五次鳥擊，通車初期，一天僅卅八班，但每一列車鳥擊次數倍增到十次。後來逐步增班，高鐵發現「我們在調整，牠們也在調整」，增到六十二班，從十次降為五次；增至九十一班，再降到只剩一點五次。

高鐵說，或許鳥類也建立了自己的「通報系統」，知道「趨吉避凶」。

賈先德說，高鐵曾請教過日本新幹線，但他們認為這是自然現象，沒特別防範；也詢問過高鐵德法籍駕駛，得到相近答案，認為物種會透過學習自行調整。他說，從數據中看得出鳥擊有明顯下降的趨勢，但不論是從營運或生態的角度，高鐵很希望能找到防治之道。

彰化環保聯盟理事長蔡嘉陽建議，高鐵可仿效機場做法，在沿線易撞擊點的軌道兩旁廿至卅公尺設置高音頻的驅鳥裝置。也有人建議，高鐵可在車頭貼「眼點」，讓鳥類遠遠以為是猛禽而避開，觀察是否可以減少撞擊的數量和次數。