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--97年05月20日，政黨輪替，特偵組發佈陳水扁、吳淑珍境管通知。 

--97年08月06日，馬英九總統註銷國務機要費之發票機密，重啟扁案審理。

--97年08月25日，陳致中、黃睿靚自美回國說明，26日被限制出境。

--97年08月28日，葉盛茂毀損、隱匿公文遭到起訴(將國際艾格蒙洗錢情資交予陳水扁)。

--97年09月19日，中斷一年審理的國務機要費案再次開庭。

--97年10月06日，葉盛茂隱匿公文罪開庭。

--97年11月11日，陳水扁遭特偵組申請羈押禁見獲准。

--97年12月04日，葉盛茂一審判刑10年。

--97年12月12日，扁案首波 (國務費、龍潭購地、南港展覽館、洗錢)4 大案偵結，特偵組依貪污、洗錢等罪起訴陳水扁夫婦等14名被告，並對陳水扁求處「最嚴厲之刑」。當天陳水扁被審判長周占春當庭釋放。

--97年12月25日，依後案併前案原則，將扁案合併95年國務機要費案，由蔡守訓審判長負責審理。

--97年12月30日，陳水扁遭台北地方法院再次羈押。 

--98年01月19日，扁案展開一審審理，14名被告中，9名當庭認罪，1名重病暫緩審理，僅陳水扁、馬永成、林德訓未認罪，吳淑珍認罪一半。

--98年03月03日，陳水扁延押兩個月(3/26~5/25)。

--98年05月05日，特偵組追加起訴陳水扁、吳淑珍收受前中信金控副董事長辜仲諒、前台北101董事長陳敏薰給款，涉嫌收賄。併入扁四大案一起審理。

--98年05月11日，陳水扁續押兩個月(5/26~7/25)。

--98年05月21日，陳水扁解除律師委任並捨棄所有證人傳訊與詰問。台北地院諭知公設辯護人為扁辯護。 

--98年06月03日，特偵組簽發北檢吳淑珍、陳幸妤、陳致中、趙建銘、陳敏薰偽證罪。

--98年7月13日，陳水扁三度延押兩個月(7/26~9/25)。

--98年08月13日，偽證罪一審審理，扁家4人當庭認罪。

--98年09月01日，偽證罪一審宣判，吳淑珍一年，扁家二代各六個月，陳敏薰一年六個月有期徒刑。

--98年9月11日，扁案首波4大案與追加起訴部分，台北地方法院一審宣判，依貪污、洗錢等罪，判陳水扁、吳淑珍無期徒刑，褫奪公權終身。 

--98年9月22日，特偵組偵結第2波扁案，認定陳水扁、前國安會祕書長邱義仁、前外交部次長高英茂涉嫌侵佔機密外交款，起訴3人貪污。 

--98年9月24日，陳水扁移審台灣高等法院，高院裁定羈押陳水扁三個月(9/24~12/23)

--98年10月09日，扁六大案二審開庭，上訴者共12名，除陳水扁、吳淑珍、馬永成、林德訓外，其餘被告維持認罪(蔡銘杰未上訴，蔡美利重病停止審判)。

--98年10月21日，機密外交案一審開庭，因事涉機密，採秘密庭，不公開審理。

--98年11月23日，偽證罪案二審開庭，陳敏薰翻供認罪，扁家維持認罪。

--98年12月17日，高院裁定陳水扁繼續延押兩個月(98/12/24~99/2/23)。

--98年12月24日，特偵組偵結第3波扁案，認為陳水扁夫婦於二次金改等案涉及收賄、洗錢，部分企業高層涉嫌協助扁家洗錢，共起訴21名被告。 

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Ps.忍不住想說，那些名嘴時時刻刻掛在嘴裡的沒有進度，毫無進展的扁案，一年來起訴共5相關案件，起訴48人，扣除重複計算有34人，各案件一審十餘人當庭直接認罪，宣判扁、珍無期徒刑，陳水扁至今仍關在看守所中，這種成果及進度，可以用一句話「沒有進度、二二六六」抹殺掉，是誰在偷懶沒做事，光靠張嘴胡扯瞎掰？若讓媒體拉陳聰明下台成功，現在進度可能扁案連一審都停止，陳水扁放在外面亂跑、陳幸妤帶著第三代海外逍遙，而司法進度還在重新找特偵組的檢察官當中，或許這個社會真該徹底檢討，還要讓名嘴誤導視聽、製造焦慮，打擊司法、作亂台灣多久？