褐根病菌正式名稱叫有害木層孔菌（學名：Phellinus noxius），又被稱為褐根病菌，是一種具侵略及破壞性的病原體，遭受感染的樹木會得到褐根病，它主要生長於樹木根部或是殘根組織中，沒辦法在土壤中隨意生長，其子實體為一年生，完全平伏，擔孢子呈卵形至次球形，平滑且無色，長3.5-5微米，寬2.5-4微米。
褐根病菌在健康樹木根系接觸到被感染樹木的根部、帶有殘根組織的土壤時，就會感染攻擊植物的根部，樹木感染後，褐根病菌在樹木內的繁殖擴散會造成根部木材組織的腐朽，使根部變得脆弱，影響根系吸收土壤中的養分，甚至因為支撐力下降而容易倒伏。
褐根病菌分布於亞洲、非洲等熱帶地區，美屬西太平洋群島、日本琉球群島、香港、澳門的森林都受到嚴重的褐根病危害，臺灣各縣市均有褐根病的案例發生，是台灣低海拔重要之樹木病原菌。
民主進步黨籍彰化縣議員賴清美表示，樹木生病也應該先治治，而不是便宜行事先砍再說，畢竟要長成大樹也不簡單，根據【認識樹木褐根病及其防治】一文，褐根病主要為害根部，藥劑的施用不易達到預期治療效果，因此施與藥劑之成效，常受樹種與環境影響。
褐根病防治應以預防為主，因為害植物初期地上部沒有任何病徵，一旦地上部出現黃化萎凋時，根部已有 80% 以上受害，在此情況下如欲進行治療處理，為時已晚；褐根病原菌主要傳染的來源是病殘根，其傳播途徑主要靠病根與健康根的接觸傳染，因此在預防的考慮下，只要可以阻止病根與健康根的接觸，及殺死或除去土壤中的感染病殘根，就可以達到防治效果。
所以說，將一株褐根病症狀已經明顯的樹木移除，是為了防止其他現況仍健康的樹木的根部也感染褐根病。
而依據【樹木褐根病診斷及防治建議手冊】之內容，褐根病的初步診斷鑑定以實地現勘樹木生長方式進行，包含肉眼觀察到的樹木生長情形及外觀特徵作為判斷之依據，感病樹木生長勢衰退、枝葉稀疏，樹冠葉片變小或呈現萎凋等病徵；另外亦可仔細觀察樹幹基部及根部是否長出菌絲面，必要時剝開一部分根基部樹皮尋找木材組織上褐色網紋等病兆。
若未觀察到典型病徵，可採集疑似感染的木材組織，包含樹幹基部及根部黃褐色的菌絲面及周邊組織、褐色網紋木材或疑似受害木樣本等，就近連繫各大專院校之植物醫院或其他農業試驗改良場所，也可通報林業試驗所林木疫情鑑定與資訊中心，協助判斷該樹木是否罹患褐根病及提供後續防治管理建議。
在具體的實務上，作法有三種，第一，是縣市政府林務單位相關業務承辦現勘認定；第二，是縣市政府林務單位人員會同大專院校植物病理相關科系教師、農業部林業試驗所研究人員現勘，由後者進行認定；第三，是縣市政府林務單位現勘採樣後，送交農業部林業試驗所「林木疫情鑑定與資訊中心」鑑定。
臺灣近年來樹木強剪、砍除或移除的新聞話題不斷，每每都有護樹團體、社區大學、文史工作者或民代提出抨擊，不過一般而言，臺灣森林或植物病理領域的專家學者，或者樹藝師，又或者園藝、造景、景觀工程相關業者，大都不鼓勵、不傾向對樹木進行強剪、剃頭或斷頭，反倒是村里長常會用政治壓力逼基層公務人員如此決策。
可是，若一棵樹經確診為褐根病，且是連樹木在地表上的部分都能看出異狀，則像是植物病理領域的專家學者，部分就會基於避免感染到其他健康樹木，而建議將染病樹木移除，而若是還有救的樹木，縣市政府林務單位目前會用的作法，就是發文樹木疫病蟲害的診斷會勘紀錄時，檢附【樹木褐根病診斷及防治建議手冊】供參。
樹木終究是活的生物，修剪、移植都不能光考慮人的角度，也要考慮樹的角度，但若樹木感染像褐根病這樣的疾病，嚴重到地上部都能看出病徵，那就只能認定沒救，而要基於其他健康樹木的生存予以移除了！
