相濡以沫走過文革 1952年，鄧小平從西南局調到中央工作，卓琳也帶著全家一同來到了北京。擔任黨和國家領導職務的鄧小平要求自己的妻子：不要到外面工作，不要出風頭。於是，卓琳謝絕了許多單位、團體請她參與工作的邀請，一門心思為鄧小平當秘書，整理日常文件。
家庭的溫暖，無疑有助於鄧小平從容應對接踵而至的政治風波。
1966年，一場突如其來的政治風暴把鄧小平一家推向了災難的深淵。人身失去了自由，工資被停發，生活十分困難。在經過無休止的批斗之後，卓琳被懲罰打掃衛生。1969年10月，鄧小平以“全國第二號走資派”的身份被下放到江西監管勞動。卓琳頂著巨大的精神壓力，毫不猶豫地陪伴鄧小平到了江西，夫妻倆共同度過那段艱難的時光。
那時，鄧小平已是將近70歲的老人了，被分配到新建縣拖拉機修配廠幹鉗工活兒。卓琳的活是折線圈，可以坐著幹。卓琳看他勞動一天很累，就要給他搬個椅子坐坐，可他說一旦坐下就站不起來了。
工資全部停發，改發很少量的生活費，生活尤為拮據。有一次，卓琳從與自己要好的女工那兒學到一些釀酒的要領，並弄到一些酒曲，請人買了些糯米。不久，卓琳就能釀得一手好米酒，鄧小平很愛喝。他們還動手做豆瓣醬，這種菜對四川人來說是頂下飯的。
他們在那里還開墾出了一塊菜地。“他挖地，我就拿個小板凳坐在那里揀石頭。揀完石頭後，弄成一畝地的樣子，我們就跟老百姓要些種子，種些茄子、辣椒之類容易種的東西。澆水呢，他去澆，總是照顧我。”卓琳生前回憶說。
“她始終都認為鄧小平是對的，包括在‘文革’時，鄧小平被打倒。”中央文獻研究室鄧小平研究組副主任劉金田因工作關系，與鄧家多有接觸。他眼中的卓琳，對丈夫堅定支持，對親友和藹可親，對孩子們嚴格要求。“卓琳和鄧小平一直到最後去世，都是相互依靠，都是非常好的。”
鄧小平每天與夫人一起往返于從住地到工廠一條長滿雜草的田間小道上，風雨無阻，從事著一名普通工人的勞動，體味著一個平民百姓的生活。後來這條小路被稱為“小平小道”。鄧小平在江西三年的思考，對中共十一屆三中全會後制定的改革開放等新時期路線方針政策產生了直接影響。
親赴香港見証回歸
1997年2月19日，鄧小平終因帕金森病晚期並發呼吸功能衰竭，搶救無效而逝世。很長一段時間，卓琳沉浸在綿綿的哀思之中。“到香港自己的土地走一走，看一看”與“親眼看一看中國人民的小康生活”這兩個心願，成了中國改革開放總設計師鄧小平的遺願。卓琳替他兌現了這心中的夢想。
鄧小平的小女兒鄧榕此前接受採訪時，曾回憶起1997年7月1日陪母親參加回歸大典的情形：“江澤民主席特意邀請母親參加慶祝活動，他安排得非常周到，整個活動，都是讓母親和他一起行動。我和姐姐鄧楠陪同在側。”
“父親是個生活非常簡單、性格非常達觀的人，對自己的葬禮、後事，甚至生前身後名，沒有任何要求，只有這一個未了的心願。所以我們全家人心情都很激動，認為參加回歸大典是在完成父親的遺願。母親也是非常簡單樸素的人，但行前破例做了新衣服，我們姐妹也幫著她‘忙活’。到了香港，母親更是心情難以平靜，夜不成寐。”
“回歸典禮當天，母親被安排在第一排中方政要席，我在台下注視著母親。在五星紅旗升起的那一刻，她鄭重地站立，替父親完成心願。第二天，母親參加香港的慶祝大會。董建華特首專門向與會者介紹，卓琳女士出席回歸慶典。江澤民主席把我母親攙扶起來，母親深情地向大家招手致意。她是在代表父親向全體香港人民致意。”
晚年：為地震捐出平生積蓄
卓琳對待生與死的問題非常坦然，多次和子女討論身後事。她說，我的骨灰撒在小河溝里就行了，不要給國家添什麼麻煩。她很早就填寫了角膜捐獻志願書。
晚年的卓琳最多是聽戲，還喜歡聽評書，曾請人幫忙找了很多諸如《三國演義》、《隋唐演義》等評書的錄音帶，沒事的時候就聽上幾段。在中國的古典文學名著中，她尤其喜愛的是《紅樓夢》，其中不少精彩段落還能背下來。
卓琳老人的最後一次公開報導，是在去年汶川大地震時：中國紅十字會証實，5月13日和5月14日，卓琳的家人連續兩天匿名捐款後，5月15日，卓琳老人又拿出自己積蓄多年、不足10萬元的工資，准備全部捐出。老人還特地向家人籌措了部分資金，湊足10萬元的整數，而所借部分將從她日後的工資里扣除。(
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