民進黨連日抨擊衛生署新流感疫苗政策，但涂醒哲不僅呼籲民眾應接種疫苗，更成為宣導代言人，因而引發「政治不正確」的質疑。黨籍立委黃偉哲說，「白天質疑疫苗的涂委員，晚上變成呼籲打疫苗的涂委員，有點錯亂。」

    　昔批國光今代言 被罵「錯亂」

    　不僅同僚說得酸，昨天涂醒哲國會辦公室電話更湧入綠營支持者來電，幾乎一面倒質疑：「為什麼要幫馬英九背書？」涂醒哲無奈的說，早料到有人「聽不懂我在說什麼」，懷疑他的背書很矛盾。但真正了解公衛專業的人，應該都能理解為何他要站出來。

    　涂醒哲強調，身為前衛生署長，看見民眾因為對國光疫苗信心不足，產生對防疫政策的不信任，連帶諾華疫苗也遭殃，如果緩打潮繼續蔓延，Ｈ１Ｎ１危害恐將加劇擴散，「這種危害，遠超過疫苗副作用的危害！」他說出「我會選擇國光疫苗施打」並非為國光背書，而是希望減少民眾對疫苗的疑慮。

    　面對同志切割 涂「沒關係啦」

    　「疫苗沒有藍綠！」涂醒哲說，衛生署找他代言時，「雖然真的有矛盾的感覺」，但既然政策沒錯，就該講真話、做對的事。

    　面對同志有意把他的背書與民進黨做切割，涂醒哲自嘲說：「這也沒有關係啦，就當是我個人意見吧…。」但他強調，面對國光疫苗，政府必須站在監督而非背書的立場，國光生技公司更不能宣稱疫苗絕對安全，天底下不可能有百分百安全的疫苗。他並呼籲國光必須審慎進行上市之後的追蹤、通報、以及研究與改善。