信仰除了有儀式，還有許多「禁忌」，民間如此，軍中亦然；而且依軍種特性不同，各軍的信仰和禁忌也不同。雖然有些聽來無稽荒誕，但是軍中就奉行此道，且一代傳一代，無人不遵守，為的就是求心安。

討海人慣拜媽祖，海軍也不例外。多數官兵上了軍艦，多會拜媽祖，無論神像或畫像都行，可能放艦長室或輪機艙，偶爾連爐艙也有。旁邊點炷香，有拜有保佑。以前還傳說輪機艙點的香要特別粗，不能斷，斷就出事，所以輪機士會特別注意香爐，確保香火延續，象徵船體平安無事。

海軍拜媽祖，陸軍拜關公。關公是武神，對軍人來說最適合，保官位也主財祿；部隊主官愛在辦公室或寢室擺尊關公，辟邪之餘，也帶來興旺之氣。不過陸軍拜關公不像海軍拜媽祖普遍，供奉者多將關公像擺在隱密處，以免招來迷信批評。

基層各部隊都有標誌番號的「軍旗」，是部隊最重要的精神象徵，跟軍旗有關的禁忌也特別多。軍旗一不能斷、二不能碰女性、三不能倒插，都是不祥之兆。

二○○六年前總統陳水扁主持空軍E-2K預警機成軍典禮，校閱時就曾發生「斷旗」事件；雖然空軍事後強調是掌旗官用力過猛所致，但軍中流言四起，紛傳陳水扁軍權不穩、氣數已盡。

海軍最基本的禁忌就是「吃魚不翻身」，不然走海會翻船，這是從官校就養成的「基礎教育」；所以海軍官兵即使在外用餐，也是把魚骨挑掉，吃魚絕不翻面。

海軍艦艇編號也有學問，數字總和不能是「四」，所以成功級艦的舷號沒有「一一○二」、拉法葉艦沒有「一二○一」。

空軍和海軍一樣也有「忌口」—「不吃醉雞」，因為吃了會「墜機」（諧音）。其他諸如飛行前不能說「Bye-Bye」，否則會「一去不回」；飛行前不能拍照，怕會變「遺照」。

這些禁忌聽來或許光怪陸離，但部隊中許多事情很玄，主官們「寧可信其有」，上行下效，久而久之變成傳統，也就見怪不怪。