疫苗可讓身體產生能中和病毒及蛋白質的抗體，棘蛋白既是決定感染何種細胞的關鍵角色，那也能成為製作疫苗的樣板（抗原），因為病毒必須靠棘蛋白進入肌肉細胞裡面，若抗體能提前與棘蛋白結合，阻斷了棘蛋白和細胞表面受體接觸的機會，那病毒便無法利用細胞的工具繼續繁衍。

新冠疫苗注射在肌肉層的原理

接種疫苗時會根據疫苗不同的成分，建議接種在不同部位，有些需要肌肉注射，有些打在皮下。以幼兒的常規疫苗接種，大部分的疫苗都是肌肉注射,需要打到肌肉層的原因是，這些疫苗都是「不活化」疫苗，此類疫苗刺激抗體產生的反應較弱，因此疫苗會加入免疫佐劑，刺激更好的免疫生成性。

因為添加免疫佐劑的關係，刺激性較大，打到肌肉層中，血流相對豐富，比打到皮下造成的局部性反應（紅、腫等）輕微，且有助疫苗吸收。此類疫苗若打在皮下，因皮下脂肪多，血流少，佐劑可能在皮下脂肪停留太久，造成局部刺激性太強，紅腫熱痛的反應就會更劇烈。

mRNA 疫苗

mRNA 全名為信使 RNA（messenger RNA），可將特定蛋白質的製造指示送至細胞核糖體（ribosomes）進行生產。mRNA 疫苗會將能製造新冠病毒棘狀蛋白的 mRNA 送至人體內，並不斷製造棘狀蛋白，藉此驅動免疫系統攻擊與記憶此類病毒蛋白，增加人體對新冠病毒的免疫力，最終 mRNA 將被細胞捨棄。

全病毒疫苗

中國科興生物開發的新冠疫苗 CoronaVac 則是用較傳統的方式製作，雖然製程有更新，但仍是採用失去活性的病毒刺激人體免疫系統。

CoronaVac 會透過六員環化學物質（4 member ring chemical）的丙內酯（β-Propiolactone）解除病毒活性，並使用明礬（Alum）作為佐劑提升疫苗功效。

病毒載體疫苗

病毒載體疫苗通常會用腺病毒（adenovirus）傳遞至人體。製造病毒載體疫苗首先得將病毒載體的自我複製能力消除，再將一段製造病毒棘狀蛋白的 RNA 或 DNA 放入腺病毒基因序列中，最後將之遞送至人體細胞，製造抗原刺激免疫系統。AstraZeneca/Oxford 共同開發的疫苗就是將新冠病毒蛋白編入黑猩猩腺病毒載體，並在傳遞至人體後，製造棘狀蛋白引發抗體出現。

病毒載體疫苗與 mRNA 疫苗最大的不同在於疫苗穩定度，因為主要使用穩定度較高的 DNA，結構上的不同使病毒載體疫苗能在 2°C 至 8°C 儲存 6 個月。對於偏鄉與基礎交通建設不完全的國家與地區來說十分有利。

蛋白質次單元疫苗

蛋白質次單元（protein subunit）疫苗能以更直接的方式刺激免疫系統。將結合類病毒奈米粒子的蛋白質傳遞至患者體內，免疫系統即可迅速產生抗體，相比透過 mRNA 或其他核酸來製造棘狀蛋白還直接。以下為 2 家蛋白質次單元疫苗藥廠。

首先，Novavax 的蛋白質次單元疫苗 NVX-CoV2373 是將新冠棘狀病毒透過桿狀病毒（baculovirus）遞送至蛾細胞，藉此製造蛋白，隨後和基底為皂苷（saponin）的佐劑混合製成。

諾瓦瓦克斯疫苗，用上兩項專利;奈米顆粒技術和佐劑。諾瓦瓦克斯用昆蟲（秋行軍蟲）細胞培養蛋白,昆蟲細胞具有產量好、價錢便宜的優勢。並以專利奈米顆粒技術聚合棘蛋白形成奈米顆粒。因蛋白疫苗成份單純，對免疫系統的刺激不強，因此必須添加佐劑提高免疫反應，佐劑對於蛋白疫苗的效力至關重要。佐劑概分3類，一是傳統的鋁鹽，非常安全並廣泛使用，但刺激細胞免疫的效果不是很理想；二是一些免疫刺激性強的類微生物成分，像是CpG；三是皂素等三萜（Triterpenes）類成分。

專利的重組蛋白奈米顆粒技術與專利的佐劑Matrix-M混合，讓多個抗原蛋白聚合形成奈米顆粒，有效提高免疫反應。Novavax佐劑Matrix-M主成分是皂素(Quillaja saponins)與膽固醇、磷脂，以特殊比例組成，刺激出非常好的免疫反應。CpG與皂素屬於較新的佐劑，除了誘發抗體反應好，相較鋁鹽會誘發較好的T細胞反應，近年逐漸使用在各種疫苗上。

第二，Sanofi 和 GlaxoSmithKline（GSK）則使用桿狀病毒生成棘狀蛋白來製造疫苗。合作中，Sanofi 提供重組 S 蛋白 COVID-19 抗原，GSK 則是供給佐劑。

台灣的新冠肺炎疫苗研發均屬`蛋白質次單元疫苗`｡注射含新冠肺炎棘蛋白奈米粒子，改變部份細胞蛋白為棘蛋白，從而產生抗體｡

瓶頸在注射劑量定量和受體、試體的選擇｡尤其受試體的環境與可選樣本｡目前印度是個好地方，也可提供足夠試體；意謂證明新疫苗的有效，最佳場所就是疫情發展不止及多人口`多樣態的國度｡疫苗研發要有科研技術也要取得具規模的試驗工廠,研發成本要含試體樣本費用｡

聯亞(美國黑水black water有投資)UB-612 是一種能刺激人體 B、T 免疫細胞的多重表位次單位新冠疫苗，該疫苗針對 COVID-19 結合人類 IgG1（S1-RBD-sFc）單鏈 Fc 部位的 S1 次單位棘狀蛋白受體結合區域（receptor binding domain, RBD）進行設計，是全球首創的 COVID-19 多重表位次單位疫苗（Multitope Protein/Peptide-based Vaccine, MPV）。有說；三期赴適合量體及環境的工廠執行｡