鍊金術，意指根據「等價交換」的原則，理解物質並加以分離、重新架構，是這個世界最先進的學術。在鍊金術中，被視為最大禁忌的就是「人體鍊成」。一對年幼兄弟由於過度思念已故母親，因此犯下此一禁忌，最後失去了一切。這對兄弟就是將靈魂附著於巨大盔甲的弟弟‧阿爾馮斯‧愛力克，以及裝著機械鎧，有著「鋼之鍊金術師」之稱號的哥哥，愛德華‧愛力克。兩人為了奪回失去的東西，展開了尋找「賢者之石」的旅程。但隨著兩兄弟越來越接近「賢者之石」的核心，他們卻也同時被捲入一場巨大的陰謀。在暗處活躍著的一群非人類的存在、漸漸露出其本性的軍事國家亞美斯特利斯、遭受虐待的民眾之無比憎恨與復仇之心、鍊金術所帶來的眾多悲劇。這些原本單獨發生於各地的悲劇，最後將連成線，將人類、民眾、最後甚至連國家都捲入其中。

兩兄弟雖身處絕望與希望的狹縫，但仍不放棄前進…。