全新12 隻變種怪物、4個石頭將軍和1個三千年不死的千歲人魔，這次正義英雄忍者龜們能全身而退嗎？

正義英雄忍者龜團隊們這次將面臨前所未有的險惡威脅！紐約市發生了一連串不可思議的事件，瞬息移動的陰影劃過市區 ，天上的星星竟以直線排列，而竄起的怪物正在四處破壞，危害市民的安全，造成紐約市的超級大動亂…

神秘的富商企業家麥克斯溫特斯是否涉入了這個龐大的陰謀呢? 紐約市更加需要忍者龜正義團隊們的幫助了！每個人在期待忍者龜的出現，但是他們在哪兒呢？此時，隊長李奧納多因獨自去接受特別訓練而與其他弟兄暫時別離，但他的兄弟們米開朗基羅、多納太羅和拉斐爾卻因此變得失落又失去方向…

當城市與家庭同時陷入危機，便是李奧納多和老鼠師父史林特重整忍者龜們的團結及忍者術的時候，一種忍者龜們才能擁有的能力。

忍者龜們能不能即時重聚並鍛鍊成最堅強的團隊去打敗具有超能力的惡勢力呢？