交通局也質疑鄭文燦迴避地區站間的票價過高，嚴重影響民眾搭乘意願的問題，認為機場捷運或許是世界上最便宜到機場的機場快鐵，但卻是台灣最貴的捷運票價，起程票價比台北、高雄捷運貴了10元，即使調降台北車站至林口生活圈車資，但是否能夠吸引通勤族搭乘還是未知數，給予通勤族6至7折的折扣，折扣後的價格更突顯原票價過高的荒謬。

交通局說明，新北市政府身為桃捷公司的股東，一向重視公司的營運，只是作為桃園市政府所屬公司的桃捷公司卻未對新北市政府給予尊重。前董事長何煖軒104年8月去跟交通部談直達車與普通車同價，事前事後均未告知持股近3成的新北市政府。

此外，桃園市長鄭文燦提到降價如果造成虧損，要有人編預算補貼，交通局則要求桃園市政府對外說明「票價㑹有多少人搭」、「每年㑹賺多少或賠多少」、「如果直普不同價，普通車票價比照北捷，則㑹有多少人搭」、「降價就一定虧損嗎」。

交通局最後強調，新北市政府對票價所提的建議是理性，完全符合交通專業的。希望桃園市政府儘速精算直普不同價，不同票價方案的搭乘人數，收入與盈虧金額，新北市政府㑹負起身為股東的責任。機場捷運耗時二十年，桃捷公司尚未營運就虧損13億，是因為機場捷運延後通車所造成的，新北市也深受其害，因此工程主辦機關交通部高鐵局難辭其咎，理應向廠商求償，並優先以工程結餘款填補虧損。

交通局重申，新北市民都期待機捷儘快通車，新北市也絕對不樂見因為票價爭議而影響通車，只是希望訂定合理票價來創造最大的運量。在通車之前，新北市願意隨時配合參加桃捷公司的票價審議委員會，重新訂定合理票價。