裁定理由更舉美國「水門案」為例，遇總統職權行使是否違法爭議，且有礙訴訟進行之虞時，司法應有審查的權限，才能維繫權力分立與制衡的憲政體制。

合議庭在裁定書中指出，大法官釋字第六二七號解釋文，固然賦予總統國家機密特權，但解釋理由書也明示：「惟源自於行政權固有權能的『國家機密特權』，乃行政權之一部，該行政特權並非憲法上的絕對權力，不僅應依法行使，亦應受立法機關所制定的國家機密保護法等規定限制，非可恣意任為，更須受司法機關之審查。」

「否則，不啻總統可據此行政特權的行使，不受任何法律的拘束，即可遂行干擾任何司法案件的審理，恣意侵害司法審判權，顯不符權力分立與制衡的憲法基本原則，而有違六二七號解釋宏旨。」

裁定理由書說，民主法治國家，政府資訊應依法公開，國家機密的核定，是限制資訊的公開，有侵害人民知的權利之虞，自須謹慎將事，並受憲法第廿三條節制，核定範圍應受法律規範。

而本案六項外交工作資訊或相關書證、資訊，是否已依國家機密保護法核定國家機密，曾為本案審理爭點。為免爭議且求慎重，曾函詢總統府有關扣案等相關證卷是否為機密等情形，總統府不僅未正面回覆，截至今年一月廿二日前，也未將該六項外交工作資訊核定為國家機密。

今年六月十五日公布六二七號解釋文後，聲請人也未依解釋意旨，立即改核定為國家機密，反而在馬永成、林德訓最後審理階段，即將在九月七日、十四日訂期辯論終結之際，總統府祕書長才以函文表示已補核定機密，所為核定是否如聲請意旨所言是基於「為避免國家機密資訊於審判庭揭露，危害國家安全與利益」之目的，顯有疑義。

綜合以觀，陳水扁的核定行為，純屬為隱瞞馬永成、林德訓二被告的行政疏失，甚至違法行為，及意圖掩飾被告等人被訴犯罪的不名譽行為，且是逾越國家機密保護法明定的「必要之最小範圍」，其核定行為不具適法性，屬具有違法瑕疵的行政處分無疑。

況且就本案而言，又以他人發票為之，客觀上根本無從知悉實際交易行為人和內容，實難據以窺知有何國家安全資訊，應不屬於國家機密保護法規範核定之列。

有關發還吳淑珍四被告等人之供述證據部分，都是調查或偵訊筆錄，是偵查卷宗一部分，並非陳水扁或總統府所有而經檢察官扣押之物，聲請發還筆錄於法無據。

至於涉及相關外交工作的相關證物部分，聲請人在檢察官扣押證物之初，未曾爭執不得扣押，且在檢察官扣押後，也未依刑訴法聲請法院撤銷，等到移送法院審理數月之後，才指摘檢察官扣押處分有瑕疵，不無干擾訴訟進行之疑，聲請發還無理由。

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