財政部核釋，個人將投資之股權交付信託，約定本金受益人為委託人，孳息受益人為公司組織之營利事業，該營利事業因信託契約取得之股利淨額或盈餘淨額，並非因投資所獲配，無所得稅法第42條第1項不計入所得額課稅規定之適用，應計入所得額課徵營利事業所得稅；其獲配之可扣抵稅額，不得依所得稅法第66條之3規定，計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。

　　財政部說明，在現行兩稅合一制度下，為避免營利事業因「投資」其他營利事業取得之投資收益，發生重複課徵營利事業所得稅之情形，所得稅法第42條第1項爰規定，公司組織之營利事業因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。營利事業如並未「投資」其他營利事業，而係基於「投資」以外原因取得之收益及可扣抵稅額，尚非上開所得稅法第42條第1項及第66條之3等兩稅合一制度規範之範疇。因此，公司組織之營利事業如為孳息他益股權信託之孳息受益人，其因信託契約取得之股利淨額或盈餘淨額，並非因投資所獲配，自無所得稅法第42條第1項不計入所得額課稅規定之適用，因信託而取得之股利淨額或盈餘淨額應計入所得額課徵營利事業所得稅；其獲配之可扣抵稅額，不得依所得稅法第66條之3規定，計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。

　　財政部呼籲，納稅義務人如違反上開規定致漏報所得或超額分配股東可扣抵稅額者，其於102年12月31日以前自動補繳所漏稅款或超額分配之股東可扣抵稅額及依法應加計之利息，免依所得稅法相關規定處罰；其於103年1月1日以後，經稽徵機關查獲者，無前開加計利息免罰規定之適用