瑪雅文化展示於博物館左側第三個展覽區，Maya文化涵蓋中美洲南部地區，包括墨西哥南部的恰帕斯(Chiapas)、 塔巴斯科(Tabasco)、 坎佩切(Campeche)、 尤卡坦(Yucatan)、 金塔納羅奧(Quintana Roo)等城市，還有貝里斯、宏都拉斯、瓜地馬拉等國家。

瑪雅文明大約起源於西元前1500年，他們崇尚所有自然界的神祇，與埃及人一樣瑪雅人也建造一座座的金字塔神殿來祭祀這些神，帕倫克、烏斯馬爾、科潘、蒂卡爾與奇琴伊察這些地方都能看到各時期所建造的金字塔神殿。除了宏偉的建築物外，瑪雅人在天文、曆法、文字、陶藝與編織藝術上也創下輝煌的成就，成為瑪雅文明珍貴的文化遺產。

瑪雅文明最初起源於墨西哥灣地區的奧爾梅克(Olmec)人，西元前1200年奧爾梅克人形成以農耕為主的部落民族並創造他們的文化，西元前700年產生象形文字，西元前400年發明曆法，漸漸產生貴族的統治階層的社會結構。西元前100年在中美洲中部地區新興特奧蒂瓦坎(Teotihuacan)文明，這裡成為整個中美洲的宗教、政治與經濟之中心，而奧爾梅克(Olmec)文明卻漸漸的沒落。

約西元400年在瑪雅地區興起的蒂卡爾(Tikal)文明，蒂卡爾成為中美洲南部的第一大城，西元600年特奧蒂瓦坎(Teotihuacan)文明由盛而衰，蒂卡爾帝國(Tikal)成為當時最強大的勢力，到了西元900年蒂卡爾文明也漸漸的衰退，權力中心逐漸往北移至猶加敦半島的北部烏斯馬爾(Uxmal)與奇琴伊察。後來部落間發生內戰，1283年躲避戰火的瑪雅人遷移至瑪雅潘(Mayapan)，並發展成猶加敦半島最大的城市，部落間還是征戰不休。

1517年西班牙艦隊在埃爾南德斯德科爾多瓦(Hernandez de Cordoba)的指揮下登陸猶加敦半島(Yucatan peninsula)，1528開始進行武力征服瑪雅人，1541年這裡成為西班牙的殖民地，墨西哥獨立後，1847年瑪雅人曾一度的想脫離墨西哥的統治，不過並沒有成功。

瑪雅展覽區建築物仿照自坎佩切(Campeche)神廟(Hochob Temple)的特殊造型，牆面以雨神(Chac)的面具來設計，門楣上的眼睛與牙齒最為神似人的五官，每個人都得從雨神(Chac)的嘴巴進出，這座神廟仿造得維妙維肖，實在有趣極了。展覽館外面的複製石碑也很著名，6號石碑雕刻的是瑪雅地區在5世紀興起的Piedras Negras部落的領袖K’inich Yo’nal Ahk II (統治時間687~729AD)。

走進瑪雅文化展覽區，被稱為Façade of Placeres太陽神的巨幅雕刻成為眾人矚目之焦點，這件作品仿自金塔納羅奧州(Quintana Roo)的面具神殿(Temple of the Masks)的Kinich Ahau Mask，Kinich Ahau是瑪雅文化中的太陽神，巨大的太陽神位居畫面的中央，陪伴兩旁的Hieroglyphs神祇雙手持著供品，不過有一邊是空的。

被稱為26號楣石(Lintel 26)約創作於西元600以後，石灰石長215公分寬85公分，所雕刻的人物是恰帕斯地區的Yaxchilan部落領袖Itzamnaaj BahlamIII穿著盔甲拿著燧石刀準備上戰場，他的妻子K’abal Xook為他準備了頭盔。第51號的石碑雕刻的是卡拉克穆爾王朝Kaan部落的酋長Yuknoom Took’K’awiil，很多石雕都有他的記載。卡拉克穆爾王朝是瑪雅地區6世紀最強盛的統治政權。50號石碑雕刻的是死亡之神，造型如一具骷髏的死神戴著美洲豹的面具，靈魂從它的肚臍升天，這一系列的石雕都是重要的歷史文獻。

雨神(Chac)的石雕的造型最為特殊，它複製自Codz Poop的面具廟之牆面的雕刻，Codz Poop位於烏斯馬爾(Uxmal)Puuc地區的Kabah瑪雅著名的古蹟，整面牆全是由相同的面具所構成，面具上誇張的長鼻子叫人嘆為觀止。另外奇琴伊察(Chichen Itza)最著名的是Chac Mool這座臥姿的人像石雕，它在瑪雅文化中具有代表性，石雕的姿態看起來很悠閒，其實他是準備當獻祭的祭品，知道雕像所代表的意義後，再也輕鬆不起來了。再看另一個陪葬品，它是從金塔納羅奧(Quintana Roo)的貓頭鷹的神殿(temple of Owl)所出土的文物，似碗狀的粉紅色貝殼容器以綠硬玉鑲嵌出圖形，一位部落的領導者手持雙頭蛇。

最後繞到地下室，這裡展出帕倫克(Palenque)城邦部落首領帕卡爾二世(Pakal II 603~683AD)的墓穴，帕卡爾二世在位時創下顯赫的功業，他過世後被葬在帕倫克，1952年考古學家在帕倫克遺址的金字塔底下(Temple of Inscriptions of Palenque)發現帕卡爾二世之陵墓，他穿著紅色的衣服，頭戴著皇冠，陪葬品中最珍貴的是200多片碧玉馬賽克組合成的喪葬之面具，除了許多的陪葬品外，石棺上也出現精緻的雕刻，複製的陵寢展示在墨西哥人類學博物館的瑪雅館地下樓內。