財政部98年9月3日發布「所得稅法第八條規定中華民國來源所得認定原則」（以下稱「認定原則」），明訂來源所得之定義。在此之前，財政部已陸續發布有關中華民國來源所得之解釋令，多數均對納稅義務人有利，可看出稽徵機關對來源所得已採較以往寬廣之解釋。

在此認定原則公佈實施後，為確保其稅負最適化，企業應重行檢視現有合約的適切性，如服務樣態之劃分，服務可否區分境內、境外服務，計價方式，如屬共同研發，其合約約定是否已包括所有權利義務之約定等。另外，應再思考各種不同納稅方式之可行性，例如：若採扣繳方式，其扣繳稅款在國外是否可全數抵扣？如果是，在稅負相同之情況下，是否僅採扣繳方式即可；反之，如屬可採申報核實認定之所得，則可考慮委託代理人申請所得核實計算之方式，但其退稅文件之齊備及相關佐證文件，將是重要關鍵。

因此，企業應藉此重新思考公司內部稅務管理機制的建立及更新。另外，企業也可思考是否有機會申請適用所得稅法第25條 （3.75%）或租稅協定，一方面可免除大量文件的準備，一方面可減少徵納雙方未來的審查成本，將不失為另一可行方式。本次認定原則共計16點，在此認定原則中，有幾項重大突破，企業如能妥善訂定合約內容及準備相關文件佐證，有助於稅負之節省，包括：

一、解決過去以來最具爭議性的見解，即我國來源所得應以勞務提供地而非使用地為認定標準，及外國營利事業在我國境內提供綜合性業務服務，稽徵機關應依其性質分別歸屬於所得稅法第8條第1款至第10款各類別之所得，不得逕行將其全數歸類為其他收益。

二、勞務報酬及營業利潤，如其行為同時在我國境內及境外進行，且能提供明確劃分相對貢獻程度的證明文件，如會計師查核簽證報告、移轉訂價文件等，得由稽徵機關核實計算及認定應歸屬我國境內的利潤課稅。

三、營利事業與外國事業共同開發技術，並共同擁有智慧財產權，如經查明確屬共同研發之成本費用分攤，各參與者可獲得合理預期利益，且無涉及權利金給付及不當規避稅負之情事者，該給付的費用，非屬我國來源所得。

四、申報納稅方式除扣繳方式外，如外國營利事業有所得稅法第8條規定之勞務報酬、租賃所得、營業利潤、其他收益等所得，由扣繳義務人扣繳稅款者後，得依所得類別按次或按年申請，委託我國境內代理人，自取得收入之日起五年內，向稽徵機關申請依證明文件，減除前開收入之相關成本、費用，重行核算所得額，並退還溢繳稅款。

本認定原則公布之後，對於來源所得雖已較以往課稅原則明確，但仍有審查實務問題須再釐清，舉例而言，外資企業對支付國外總公司或區域總部的管理費、技術服務費、資訊費等，因多數採成本分攤方式且勞務多於境外提供，是否要扣繳一直是徵納雙方爭論的議題。此認定原則公布後，徵納雙方對來源所得認定原則已有一定共識，但對於境內境外勞務區分如何佐證、需備妥哪些文件供查，利潤貢獻度如何計算，徵納雙方的共識尚未形成。此時，企業應多與稽徵機關溝通，或可考慮尋求外部顧問的協助，讓案件順利完成。