上任後積極推動兩岸關係的馬英九總統，首度向國軍官兵提醒大陸目前仍部署有一千多枚中、短程飛彈瞄準台灣，他要求國軍仍要備戰才能止戰；但馬英九也強調，台灣去年對大陸貿易額已高達一千三百億美元，因此他認為中國大陸既是一個威脅、也是一個機會。

此外，有關我方主動在對美軍購上喊停的傳聞，馬英九也特別澄清表示，國家安全不能依靠別人的善意和保護，必要採購防衛性武器，凡是立法院已通過的軍購項目，政府都已向採購對象提出清單，「等待他們按照慣例採取必要步驟」。

馬總統在陸軍官校主持九十七年三軍五校院聯合畢業典禮時表示，最近這段時間兩岸關係有了很顯著的改變，再過兩天將要實現六十年來第一次「周末包機」，他向官校畢業生說，也許有許多人對於我國與大陸究竟是敵、是友？大陸對我國是威脅還是機會？困惑不已。

為此他解釋說，從二十一年前我國開放台灣地區人民到大陸探親以來，兩岸的關係從人道探親，進入到貿易、投資、觀光、旅遊，乃至於在許多方面開始出現許多合作的機會。

不過大陸目前仍部署有一千多枚中、短程飛彈瞄準台灣，但另一方面，台灣去年對大陸貿易額已高達一千三百億美元，也享有巨額順差。大陸加上香港是台灣最大出口地區，「這是不爭的事實」。

他表示，台灣未來也許會跟對岸談判和平協議，但是任何談判必須要以堅實的力量作基礎，「我們不能從虛弱出發」，為了維繫兩岸和平，充實國防實力並展現自我防衛的決心是刻不容緩的。

日本媒體發自北京的報導指出，中共中央軍事委員會徐才厚副主席於二日在北京與自衛隊佐官級訪問團訪談，提及對台灣的國防政策時表示，「台灣問題雖然已有了緩和的跡象，但是敵對關係尚未解除」，因此解放軍仍然不會改變目前將重點放在台灣的軍事戰略。

產經新聞報導指出，針對「若是台灣問題獲得和平解決，那麼目前的對台軍力將如何處理？」的詢問，徐才厚說：「兩岸的下個階段是必需簽訂和平條約，必需視具體的狀況才能考慮軍力應如何調整的問題。」