馬英九總統在參加中央研究院第廿八次院士會議開幕致辭時宣示，到二○一二年，國內科技研發經費要達到國內生產毛額（ＧＤＰ）的百分之三，要達到此目標，科技研發經費每年須以百分之八到十的幅度成長。

馬總統推崇中研院對台灣學術、教育、科技、文化的貢獻，他說，中研院成立至今八十年，有五十多年的時間在台灣，重要的成長、茁壯歷程都是在台灣民主的土壤上完成。

他表示，學術研究工作「如真理大海，一望無際」，需要謙卑的態度；新政府上任才四十天，也需要以謙遜的態度多傾聽社會各界的意見，並希望知識界先進建言與督正。前中研院院長李遠哲表示，新政府雖然民調下滑，但由於上任的時間短，「相信馬總統會好好努力、傾聽大家的意見」。

馬總統致詞時特別提及中研院人文社會領域對社會風氣的影響，表示中研院人文所處讓社會濡染了「詩書寬大之氣」，以及自故院長胡適以降「不阿附媚俗的風骨」，盼未來能持續提升，與科學研究一起引領台灣未來知識經濟的走向。

馬總統特別表彰中研院前院長李遠哲與現任院長翁啟惠對生技研發的貢獻，並期許中研院在這個領域更加把勁，讓生技製藥的研發應用成為台灣未來新的產業。他也期許中研院提升國際間的聲望，拓展台灣的國際空間，讓「台灣研究」成為國外東亞研究的一部分。

翁啟惠在開幕致詞時表示，在政府財政困難的情況下仍維持科技預算的合理成長，象徵國家對學術研究的重視。目前中研院已和２７個國家的１４３個大學及研究機構建立合作關係；並在年底將舉辦「科學院院長論壇」，邀世界各國科學院院長來台，提升中研院在國際學術的影響力。