有關海峽盃籃球賽，有民眾攜帶國旗進場，遭勸阻一事，馬英對於青年學生持國旗入場加油一事給予高度肯定，認為這是愛國心的具體表現。並提出「台灣參與或舉辦國際體育比賽有關旗歌問題五原則」，表示若當選總統，對於相關問題將依是該原則辦理。五原則分別如下：

　一、兩岸交往應秉持對等互惠精神：

　　兩岸交往，應和平、理性、對等、互惠，不能表面平等，實質不平等，讓台灣的尊嚴受損。

　二、參賽遵守國際奧會的旗歌規定：

　　台灣參與國際體育比賽仍將遵守國際奧會規定，大會會旗採用中華台北奧運會旗，會歌採用國旗歌。

　三、觀眾有攜國旗入場與唱國歌自由：

　　國際奧會關於中華民國旗歌的相關規定，適用於主辦單位與參賽隊伍，不應涵蓋觀眾席的觀眾。亦即觀眾不論攜帶國旗進場、帶上印有國旗徽幟的帽子進場或在觀眾席上高唱國歌，只要是觀眾自發的行為，皆屬於公民熱情愛國的自由，不應加以禁止。

　四、強力維護中華民國國旗國歌尊嚴：

　　未來在國際比賽時，萬一出現主辦國禁止我國觀眾攜國旗進場，或禁止觀眾唱國歌，我們將據理力爭。但在台灣主辦的比賽，我們將堅持原則，要強力維護中華民國國旗、國歌的尊嚴，絕對捍衛觀眾持國旗入場與在觀眾席唱國歌的自由。

　五、告知大陸，觀眾有攜國旗、唱國歌自由：

　　未來兩岸體育交流，邀請大陸代表隊來台時，應先告知對方，觀眾有攜帶國旗、帶有中華民國的徽幟入場加油以及唱國歌的自由，如對方不能接受就取消比賽。

　　此外，馬英九也對於多年來大陸人士來台訪問，往往要求我接待單位，在接待場合遮蔽國旗與國父遺像，這種傷害台灣尊嚴之行為，表達不滿，認為民進黨執政後，這種情形屢屢出現，他絕不能接受。馬英九如果當選總統後，絕對不容許再度發生，馬英九主張兩岸交往固然應鼓勵，但對等互惠的原則不能偏廢，更重要的是，自己如果不尊重自己，別人怎麼會尊重我們？對方如不能接受，就請自行退場。

　　馬英九表示，他要透過明確的處理原則與方針，讓中共當局清楚明白，推動兩岸交往，必須正視中華民國存在的事實。任何以直接或間接的方法，貶抑中華民國的動作，都將傷害台灣尊嚴，破壞兩岸關係，得不到台灣人民認同的。