東澳車站內設置有島式月台兩座，雖然是設置在地面上的車站，但月台區實際上是位在一個土堤構造的上方，部分月台跨越蘇花公路（台9線）。由於同時兼有水泥貨運集散的功能，因此站區內用地寬廣，設有多條主要供貨運使用的側線。

東澳是台鐵旗下的二等站之一，除每站皆停的區間車班次全停之外，包括區間快車、復興號、莒光號與自強號等較高等級的列車，都是採部分班次停靠的方式營運。至於等級最高、車速最快的太魯閣號與普悠瑪號則完全不停靠本站。

除了客運服務外，東澳也是幸福水泥的水泥貨運基地，因此站內經常可以見到由散裝水泥車組成的貨運列車停靠或進出。

東澳車站是在1980年2月1日，伴隨蘇澳新站至花蓮新站之間的北迴線全線通車，所一同啟用的車站之一。

臺灣鐵路環島之旅-東部幹線 (樹林→臺東)/北迴線部分(蘇澳新站→花蓮)