側式月台一座。

南端設有安全側線，防止列車對撞；有交會列車功能。 雖有二股可交會，但只有待避股可供旅客上下車，因此在池上=關山雙軌化之前，不可能同時讓二列區間車在本站交會。本站無派駐站員，亦無發售車票之業務。

1924年8月27日設「新武呂驛」，以車站旁新武呂溪命名。1945年站名和地名改取此地原住民地名「Haitutuan」之音翻譯改稱為「海端」。「Haitutuan」源自布農語，據說意指此地地形「三面環山、一面敞開」之意。2003年8月11日：配合車站北端改線工程完工，完成路線切換，啟用新月台。2008年3月27日由三等站降為乙種簡易站，並指定由關山站管理，仍具有交會列車的功能。

臺灣鐵路環島之旅-東部幹線 (樹林→臺東)/臺東線部分(花蓮→臺東)