1948年初，國軍整編，第九軍改編為整編第九師（與第二軍改編的整編第9師無歷史淵源），師長黃淑。同時，原屬第三師、第一六六師縮編為整編第三旅，旅長周藩；整編第一六六旅，旅長蕭超伍。另將暫編第二十六旅編入該師，旅長王青雲。7月，該師南調，守備津浦鐵路中段。9月，該整編師恢復第九軍番號，隸屬第十三兵團。軍長黃淑任，副軍長李藎宣、蕭超伍，參謀長顧隆筠。原轄整編第三旅改編為第三師，師長周藩；整編第一六六旅改編為第一六六師，師長蕭超伍兼；暫編第26旅改為第二五三師，師長王青雲。11月初，該軍參加淮海戰役。

1949年1月，解放軍圍殲該軍大部於河南永城東北地區。同年2月，該軍殘部在上海重建，隸屬第十三編練司令部。下轄第三師，師長田仲達；第一六六師，師長葉會西；第二五三師，師長李牧良。第九軍重建後，即調至滇南整訓。1950年1月，解放軍在滇南戰役中國第九軍全被殲。