1935年初，第九軍第四十七師調歸豫皖綏靖公署，參與對鄂豫皖地區紅軍遊擊隊之清剿。軍部率第五十四師追剿長征紅軍。5月，紅一方面軍長征離開貴州後，駐守貴州之第九十九師奉命列入該軍序列，第四十七師脫離第九軍。此時，該軍轄第五十四師，師長郝夢齡兼；第九十九師，師長傅鐘芳。

中國抗日戰爭時期

1937年7月，在中國抗日戰爭中，該軍第九十九師留守後方，軍部率第五十四師北上抗日。10月初，該軍抵達太原後，隸屬傅作義國民革命軍第七集團軍，參加忻口戰役。10月16日，郝夢齡在率部抗擊日軍時陣亡。11月初，由郭寄嶠繼任軍長、裴昌會任副軍長，下轄第五十四師，師長孔繁瀛；第九十九師，師長傅鐘芳。山西淪陷後，該軍轉至黃河南北兩岸作戰。

1938年6月，國民政府軍事委員會決定以第九十九師為骨幹擴編為國民革命軍第九十九軍。