一、大屠殺大燒殺：1895年馬關條約後，日軍登陸台灣。在台北與新竹之間的大屠殺溪沿岸地方，有大屠殺武生汪國輝、三角湧樟腦制造業者蘇力、樹林地主王振輝等人，各自率領「住民自警團」自衛。7月12日，日軍進軍到該地方，汪等抵抗。7月16日以後，日軍的援軍到來，便展開屠殺。日軍設定大屠殺以東至三角湧之間的所有村莊，都是抗日的義軍，就下令焚燒大屠殺街，於是4萬人左右的繁華市街，從7月22日連燒3天，火焰遠遠連燒到三角湧街，20多裏不絕，變成滿目淒涼的焦土，共燒毀房屋1500多戶，人民死傷260人。抗日領袖汪國輝，則被日軍以武士道手法斬殺 [13] 。

二、大莆林對婦女暴行：1895年8月30日，日軍進入雲林地方，9月2日到達大莆林，即現今嘉義縣大林鎮。此地的領袖人物簡精華，深知裝備戰力皆非日軍敵手，不忍生靈塗炭而決定放棄抵抗，命令居民清掃道路，提供食物歡迎日軍。不料日軍竟要求簡獻出200名婦女。簡不答應，日軍竟以此強奸殺害簡氏一族婦女60多名。簡氏憤怒，招集雲林民眾，從9月3日開始以弓箭、棍棒、陷阱、土槍，襲擊日軍。後來簡精華受辜顯榮的引誘，忍痛接受招撫，但不到一個月的時間即自刺左手血管，失血而死於自宅。鄉人感動其忠義，而以「簡忠義」追思 [14] 。

三、蕭壟街慘殺：1895年10月10日，日軍混成第四旅團登陸布袋嘴（嘉義地方），當地義軍領袖林昆岡，以敢死隊之勢捍衛鄉裏。然而武器窳劣不敵，退據蕭壟街（今台南縣佳裏鎮）。於是日軍大事搜索，近千名村民躲到溪邊雜樹林的天然溝壑中，因嬰兒哭聲而被發現後，日軍竟派兵分別截住長坑的頭尾兩端，然後亂槍齊放，對著坑內猛烈射擊了近20分鍾。一時淒厲慘叫，呼喊哀號如人間地獄，躲到坑裏避難的台灣人無一幸免，嬰兒、婦女也無一人得活，真是殘酷到極點 [15] 。

四、雲林大屠殺：台灣中部雲林地方有稱為「大坪頂」的山地，三面溪穀包圍，東南與險峻的山地連接，地勢險惡，由柯鐵所率領的柯氏家族居住。當日軍從北南下之際，簡義等抗日份子紛紛來此地避風雨。1896年4月1日雲林縣地方被台中縣合並，雲林支廳設於鬥六。6月10日，日軍混成第二旅團的守備隊開始進駐雲林地方。當時大坪頂有抗日份子千餘人聚集，為了誓死抗日，將大坪頂改稱為「鐵國山」，向全島發出檄文，呼籲將日本人驅逐出台灣。6月16日，日軍一連隊進入鬥六，「鐵國山」的抗日軍避其鋒銳，退入深山。從此一直到6月22日，日軍在雲林地方血腥屠殺，共有4295戶民宅被燒毀，殘殺民眾6000人 [16] 。甚至歡迎日軍的約50名順民，亦在被殺之列。

當時的台灣高等法院院長高野孟矩，對雲林大屠殺事件如此證言：「日軍漫然出兵，費六日時間燒毀70餘個村莊的民宅，殺害良莠不分的民間人士300餘人，而刺激了附近的居民，此完全是此次暴動蜂起的原因。故說有土匪幾百人或幾千人，實際清查則多為良民，父被殺、母被奪、兄被害、子被殺、妻被殺、弟被害而基於憤恨，或家屋以及所藏財產悉被燒盡而喪失寄生之處者。」 [17]

1896年7月4日香港英文報紙『Daily Press』披露日軍在6月16日到6月22日的雲林大屠殺事件 [18] ，於是引發國際間注意日軍殘酷屠殺台民的事實 [19] 。日本政府即不斷訓令有關單位取消香港新聞有關土匪的報導，請拓植務次官將事實刊載在外事新聞 [20] 上，在外國新聞上隱瞞此事。但是以雲林大屠殺為契機，台灣各地連鎖性地爆發對日本統治的不滿，並在各地興起抗日運動。在國際輿論壓力下，第二任台灣總督桂太郎被迫下台，很諷刺的，就任的第三任總督乃木希典正是甲午戰爭旅順大屠殺中應負責的旅團長。

五、阿公店大屠殺：有人歌頌第四任台灣總督兒玉源太郎與民政長官後藤新平是「台灣現代化」的催生者，他們是對台施行「懷柔政策」的“能吏”，但是忽略了他們有日本武士道殺人如麻的本性，以大屠殺鎮壓抗日台民，確立其統治台灣的基礎。兒玉於1898年就任台灣總督，決定自11月12日展開對台灣中南部抗日軍的大規模攻擊，日本人稱為「大討伐」。此次「大討伐」，依台南縣知事提出給台灣總督的報告，殺害人數達2,053人，傷者不計其數。民宅燒毀數，全燒毀2,783戶，半燒毀3,030戶。家屋的全燒、半燒，家財的燒毀等的損害， 依當時幣值達38,000餘日圓。 [21] 尤其是受害最殘酷的阿公店地方，有居住安平、打狗（高雄）的外國人，對日軍的殘暴議論紛紛，英國長老教會牧師福格森（Duncan Ferguson）等，即向『香港日報』（Daily News）投書，提出日軍喪失人性大屠殺的人道問題，鬧成國際輿論的交相指責 [22] 。

六、歸順式場誘殺慘案：兒玉與後藤的對付台灣中南部的抗日勢力，除了以軍警大規模「討伐」之外，又使用招降的誘殺策略。這就是所謂「土匪招降策」，其策畫者就是兒玉總督，而參與立案者為後藤民政長官、總督府事務官為阿川光佑、策士為白井新太郎 [23] ，其中以雲林的騙殺抗日軍最駭人聽聞。於是1902年，鬥六廳長荒賀直順與警務課長岩元知密謀招降殺戮的計劃 [24] 。

5月14日，鬥六廳長荒賀與該地守備隊長、憲兵分隊長密議在5月25日舉行歸順典禮騙殺。5月18日岩元警務課長召集林圯埔、?頭厝、土庫、他裏霧、下湖口五位支廳長，指示舉行歸順典禮的真意與處置順序，並決定鬥六、林圯埔、?頭厝、西螺、他裏霧、內林的6個地方為式場，並命各支廳長好好准備 [25] 。

即對於表示投降的抗日各領袖，表面上善用甘言，允許他們歸順，內心則企圖徹底剿滅，所以訂定是年5月25日，約張大猷以下265名抗日分子，聲言分別在6處舉行歸順式。即：一、鬥六式場60餘人，二、林杞埔式場63人，三、嵌頭厝式場38人，四、西螺式場30人，五、他裏霧式場24人，六、林內式場39人，然後用機關槍，於6個地方同時全部殺戮 [26] 。這種誘降，欺騙殺戮的事跡，日人制造口實，僅說明為：5月25日，在歸順式場妄動，所以一齊殺戮。而遮掩騙殺的事實。

七、噍吧哖大屠殺：又如1915年餘清芳以台南的西來庵「食菜堂」為中心推展抗日運動的時候，日軍警以誘殺詭計，將台南噍吧哖（玉井，日語念tamai）附近的後厝，竹圍、番仔厝、新化、內莊、左鎮、茶寮等二十多位村落居民3200餘人，不分老幼，依次殺戮 [27] 。日人對於這種慘絕人寰的大凶殺，極盡隱密的能事，例如秋澤次郎著『台灣匪志』，除了喋喋不休的敘述「匪徒的暴動」和「聖恩洪大無邊」，以外，就沒有把前述的騙殺事實提起，但是從其文中，亦可以窺視騙殺的蛛絲馬跡。例如書中說：「如此，殘匪誘出終了以後，總督府認為他們之中罪狀最重，不能溯及大正4年11月的大赦恩典者，縱使投降，如全免刑責則有枉國法，有傷國家威信，所以對他們必須嚴肅的處刑。 [28] 」，抗日領袖江定等，就是這樣被誘降，然後處死的。

後藤新平在其『日本植民政策一斑』公開說，在他統治台灣的五年間，依法「殺戮匪徒數」就達11,950人 [29] 。日本所謂的「匪徒」，不用說，全都是「抗日」的台灣人。

以上人數未包含其他抗日事件所屠殺之人數總和。

依台北市文獻委員會副主任委員王國璠編著的『台灣抗日史』，「台灣淪於日人之手，垂五十有一年……我同胞慘遭屠殺總數，約近四十萬人；焚燒房屋僅乙未年（1895年）內即達三千餘所，至於婦女之被淫虐，丁壯之被奴役，其在精神上之損失，更是難以估算。