媒體報導，有民眾反映臺北市衛生局全面回收醫療院所的公費流感疫苗，臺北市衛生局澄清表示，只是集中調度使用。衛生福利部疾病管制署表示，到十二月底前還有一百多萬劑公費流感疫苗供校園和民眾施打，建議民眾先打電話向醫療院所詢問還有沒有疫苗，以免白跑一趟。

陸續有公費流感疫苗傳出外觀異常，同批號疫苗遭主管機關收回或擋下，600萬劑公費疫苗中，0.5ml劑型有47萬劑的缺口。疾管署統計到上週為止，公費流感疫苗總計已經打了419萬劑。

疾管署副署長莊人祥表示，先前校園暫停施打，倉儲管理系統最近陸倉儲管理系統續恢復，有部分縣市需調度給學生使用，因此12月底前現有的100多萬劑中，有5、60萬劑要供應校園，另有4、50萬劑供民眾接種。

有入庫就一定會有出庫，根據先入先出原則，就要制訂出庫計畫，如果倉庫的物資比較多，將一種或多種的物資批量放上傳送帶來通過ＲＦＩＤ的自動辨識通道，利用ＲＦＩＤ固定式的讀寫機與ＲＦＩＤ電子標籤進行通信，來讀取要出庫物資的資料，並且透過ＬＥＤ螢幕顯示出庫物資的訊息，現場人員就能一目了然，並且同時將物資訊息上傳倉庫管理系統。當遇到非出庫計畫物資出庫、讀取不到物資訊息等異常狀況的時候，通道也會發出聲光報警。對於少量的物資，就會是管理員從管理系統中找出對應的物資數據來下載到ＲＦＩＤ的手持機中，使用ＲＦＩＤ手持機進行物資信息的採集，當採集完成後自動會將數據發送到管理系統。WMS軟體和進銷存管理軟體的最大區別在於：進銷存軟體的目標是針對於特定物件（如倉庫）的商品、單據流動，是對於倉庫作業結果的記錄、核對和管理——報警、報表、結果分析，比如記錄商品出入庫的時間、經手人等；而WMS軟體則除了管理倉庫作業的結果記錄、核對和管理外最大的功能是對倉庫作業過程的指導和規範：即不但對結果進行處理，更是通過對作業動作的指導和規範保證作業的準確性、速度和相關記錄資料的自動登記（入電腦系統），增加倉庫的效率、管理透明度、真實度降低成本比如通過無線終端指導操作員給某定單發貨：當操作員提出發貨請求時，終端提示操作員應到哪個具體的倉庫貨位取出指定數量的那幾種商品，掃描貨架和商品條碼核對是否正確，然後送到接貨區，錄入運輸單位資訊，完成出貨任務，重要的是包括出貨時間、操作員、貨物種類、數量、產品序號、承運單位等資訊在貨物裝車的同時已經通過無線方式傳輸到了電腦資訊中心資料庫。

疾管署副署長莊人祥：『並不是說疫苗量不夠啦，只是因為他們現在最近在針對這個疫苗做些管控調度。』『主要是因為他們要預留一些校園施打，扣下來之後，倉儲管理系統可以提供給醫療院所打的量就更少了，所以他現在必須要做些集中管理的措施。』

傳出公費疫苗存量吃緊的臺北市，包括馬偕、長庚醫院，成人劑型都已用罄，市立聯合醫院各院區也暫停施打，集中調度到各行政區的健康服務中心。臺北市衛生局疾管科科長歐佳齡表示，全市有270幾家醫療院所還有疫苗，少數院所因施打量不高，因此統一收回集中使用。